More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0160 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 343 aa  687    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  50.31 
 
 		 328 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 333 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 353 aa  228  8e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 331 aa  187  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  35.41 
 
 		 331 aa  186  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 329 aa  163  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 334 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 320 aa  158  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 321 aa  100  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  30.7 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 294 aa  90.5  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 301 aa  90.5  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 316 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  27.04 
 
 		 306 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 291 aa  87  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 291 aa  87  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 295 aa  87  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.48 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2085  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3164  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00370809  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2948  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 292 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.871741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2921  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 292 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.493083  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3170  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 292 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3155  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.921002  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3178  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20370  transcriptional regulator  33.2 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.975596 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  29.85 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 293 aa  79  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.16 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  31.28 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.2 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1864  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 306 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  29.22 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  29.22 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 295 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 311 aa  75.9  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  29.22 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  29.22 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  28.23 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  29.22 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.61 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  29.22 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.61 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.61 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  30.61 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 386 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.61 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  29.22 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  27.01 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.88 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>