More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4684 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 353 aa  719    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 333 aa  324  1e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 343 aa  228  8e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 328 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 320 aa  146  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 352 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 324 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 331 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 331 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 329 aa  123  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 327 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 321 aa  93.2  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2400  LysR substrate-binding  24.9 
 
 		 294 aa  87.8  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 306 aa  87.8  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2357  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 294 aa  87.8  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  26.61 
 
 		 283 aa  87  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  26.61 
 
 		 283 aa  85.9  9e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  28.35 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 386 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.4 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  26.43 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 314 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  30.25 
 
 		 330 aa  81.3  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000392  transcriptional regulator of alpha-acetolactate operon AlsR  26.45 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00388737  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 295 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 301 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  27.31 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1816  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3916  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  27.82 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2948  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 292 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.871741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2921  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 292 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.493083  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3170  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 292 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4410  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 303 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 286 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3178  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.09 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.13 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3155  transcriptional regulator, LysR family  25.11 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.921002  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 312 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5622  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 299 aa  72.4  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 301 aa  72.4  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 295 aa  72.4  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 296 aa  72.8  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  31.55 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2039  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 304 aa  72.4  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 313 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3164  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00370809  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3373  hypothetical protein  24.71 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2085  transcriptional regulator, LysR family  25.31 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>