More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_2906 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 333 aa  678    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 353 aa  324  1e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 343 aa  243  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 334 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 352 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 331 aa  135  7.000000000000001e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 331 aa  135  8e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 327 aa  123  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  29.66 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 320 aa  104  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 309 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 306 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 291 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  22.97 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 328 aa  86.7  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 306 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 283 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  28.45 
 
 		 294 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 292 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 306 aa  85.9  9e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.46 
 
 		 290 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  22.64 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  22.64 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  22.64 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  33.53 
 
 		 339 aa  84.3  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 321 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 314 aa  82.4  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 292 aa  82.4  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  30.13 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 283 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 289 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.03 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.36 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  27.35 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 287 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  27.35 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  26.72 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 386 aa  76.3  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  24.81 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  43.16 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 294 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 301 aa  75.9  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  26.97 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  26.97 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>