More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0559 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 352 aa  712    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 334 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 333 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 353 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 331 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 331 aa  139  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  32.98 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 327 aa  119  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 295 aa  94.4  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 288 aa  86.3  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 293 aa  86.3  8e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  29.78 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0794  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 393 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.576117  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2451  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 318 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.92 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 309 aa  78.6  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 287 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 287 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  27.19 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3080  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5287  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5176  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55626  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4981  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 300 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 301 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 313 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  27.57 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 361 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 349 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1877  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.018924  normal  0.0294674 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 290 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0385  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 334 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.980555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 290 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3433  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 322 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0160695  normal  0.459982 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  29.29 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.32 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.35 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3018  LysR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0614588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.35 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 348 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5471  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390315  normal  0.0214131 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  29.29 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  24.49 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 347 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  27.27 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 288 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.43 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.43 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.43 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.43 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>