More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0385 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0385  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 334 aa  656    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.980555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0794  LysR family transcriptional regulator  84.52 
 
 		 393 aa  537  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.576117  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2451  LysR family transcriptional regulator  86.09 
 
 		 318 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 317 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 317 aa  92.8  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 317 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08760  Transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.139187  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1323  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0574194 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2052  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.251194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2728  transcriptional regulator CatR  32.13 
 
 		 290 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32200  transcriptional regulator CatR  32.13 
 
 		 290 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3716  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 290 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.294124 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  29.37 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.71 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  29.37 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.71 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5246  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.26 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  29.48 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  29.37 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  29.37 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.71 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.71 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.71 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  29.37 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  29.48 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  29.76 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0011  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0831  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0434505  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.45 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2203  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.12 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.12 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4879  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  31.55 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.05 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.12 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.1 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.1 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0541  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.693212  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.1 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.67 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.67 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.67 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.67 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.67 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.67 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  25.1 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  28.67 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.67 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.41 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1816  transcriptional regulator, LysR family  35.26 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2536  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.52 
 
 		 329 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941748  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3827  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.645077  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.4 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.22 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3038  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000600808  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2959  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 291 aa  79  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3271  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 292 aa  79  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 307 aa  79  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.3 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.58 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3264  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1975  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0654  regulatory protein, LysR  30.73 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.480101 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1893  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917792 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1387  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.123084  normal  0.109055 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1581  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 325 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1555  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 325 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.729092  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>