More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0831 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0831  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  614  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0434505  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00909  transcriptional regulator LysR family  65.28 
 
 		 296 aa  379  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0474149  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  65.26 
 
 		 292 aa  375  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3403  transcriptional regulator, LysR family  67.02 
 
 		 292 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0995  transcriptional regulator  60 
 
 		 301 aa  330  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 291 aa  305  8.000000000000001e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  52.98 
 
 		 294 aa  297  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0654  regulatory protein, LysR  52.6 
 
 		 299 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.480101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 295 aa  287  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5661  LysR family transcriptional regulator  52.28 
 
 		 301 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.145828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2888  transcriptional regulator, LysR family  53.17 
 
 		 293 aa  282  6.000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0176531 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 302 aa  263  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2018  LysR family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 292 aa  255  5e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132801  normal  0.140237 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4035  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647876 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5852  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3484  transcriptional regulator, LysR family  44.2 
 
 		 292 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.5787  normal  0.103031 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4556  transcriptional regulator, LysR family  44.2 
 
 		 292 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230121  normal  0.746697 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3798  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.23 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 292 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  29.51 
 
 		 313 aa  119  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 296 aa  119  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  27.84 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.71 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 300 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 297 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 303 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  28.87 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  27.05 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  28.52 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  28.77 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  28.09 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  28.17 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  27.53 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  24.66 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  26.64 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  25.7 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  27.02 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  26.3 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  26.83 
 
 		 302 aa  97.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  27.56 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  27.56 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  27.56 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  27.56 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  27.56 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  26.09 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  26.09 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  26.09 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  26.09 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  26.09 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  24.56 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  26.22 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>