More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0321 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 294 aa  589  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  87.63 
 
 		 291 aa  521  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0654  regulatory protein, LysR  86.64 
 
 		 299 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.480101 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5661  LysR family transcriptional regulator  70.83 
 
 		 301 aa  414  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.145828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 295 aa  330  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  57.64 
 
 		 292 aa  326  3e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00909  transcriptional regulator LysR family  56.25 
 
 		 296 aa  324  1e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0474149  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2888  transcriptional regulator, LysR family  52.94 
 
 		 293 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0176531 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3403  transcriptional regulator, LysR family  55.63 
 
 		 292 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0995  transcriptional regulator  56.01 
 
 		 301 aa  298  1e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0831  LysR family transcriptional regulator  52.98 
 
 		 303 aa  297  2e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0434505  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2018  LysR family transcriptional regulator  52.25 
 
 		 292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132801  normal  0.140237 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 302 aa  265  7e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3484  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 292 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.5787  normal  0.103031 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4556  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 292 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230121  normal  0.746697 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5852  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4035  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647876 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3798  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  36.09 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 313 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.39 
 
 		 296 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.63 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 309 aa  139  7e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 298 aa  135  9e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 308 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 293 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  30 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 292 aa  125  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  29.64 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  30.36 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  30.36 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  30.36 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  28.62 
 
 		 317 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  27.84 
 
 		 304 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 297 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  28.52 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  28.42 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  28.32 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  28.33 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  27.95 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  27.6 
 
 		 313 aa  109  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  27.15 
 
 		 307 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  28 
 
 		 311 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  28 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  28 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  28 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  28.02 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  29.12 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  27.34 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  27.27 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  26.85 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  26.85 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  26.96 
 
 		 302 aa  103  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  26.46 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  26.46 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  26.88 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>