More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cagg_2888 on replicon NC_011831
Organism: Chloroflexus aggregans DSM 9485



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011831  Cagg_2888  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  593  1e-168  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0176531 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  52.94 
 
 		 294 aa  304  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 292 aa  302  5.000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00909  transcriptional regulator LysR family  54.14 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0474149  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0654  regulatory protein, LysR  52.98 
 
 		 299 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.480101 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  53.71 
 
 		 291 aa  296  2e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0995  transcriptional regulator  55.32 
 
 		 301 aa  289  4e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3403  transcriptional regulator, LysR family  55.24 
 
 		 292 aa  285  5e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0831  LysR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 303 aa  282  6.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0434505  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5661  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 301 aa  275  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.145828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 295 aa  255  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 302 aa  253  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2018  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 292 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132801  normal  0.140237 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 303 aa  225  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3484  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.5787  normal  0.103031 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4556  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230121  normal  0.746697 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5852  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4035  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 299 aa  202  7e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647876 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3798  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.56 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 302 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 308 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 301 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.92 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  29.69 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  27.24 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  28.12 
 
 		 302 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  27.73 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  27.73 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  27.73 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  27.73 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  27.73 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  28.72 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  27.73 
 
 		 302 aa  99  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  29.69 
 
 		 304 aa  99  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  25.95 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  26.95 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  26.74 
 
 		 313 aa  97.4  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  26.95 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  26.88 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  27.49 
 
 		 302 aa  95.9  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 298 aa  95.9  8e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  26.74 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  26.74 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  26.74 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4831  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  28.9 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  27.49 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  24.83 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  27.34 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  25.17 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  25 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  25.26 
 
 		 301 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  25.26 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  23.37 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  25.26 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>