More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4831 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_4831  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  600  1.0000000000000001e-171  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00909  transcriptional regulator LysR family  31.7 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0474149  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 298 aa  102  8e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 299 aa  99.4  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 292 aa  99  8e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0995  transcriptional regulator  32 
 
 		 301 aa  99  9e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  28.47 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  29.88 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  27.7 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 302 aa  95.5  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  26.78 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  27.57 
 
 		 317 aa  94.7  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0831  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0434505  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  27.51 
 
 		 301 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2888  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0176531 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  27.65 
 
 		 302 aa  93.2  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 291 aa  92.8  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  27.66 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 297 aa  92  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 297 aa  92  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  28.04 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0654  regulatory protein, LysR  29.64 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.480101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2018  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 292 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132801  normal  0.140237 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3403  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  28.66 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  28.66 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.94 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5661  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 301 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.145828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  28.34 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  26.37 
 
 		 295 aa  89  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  29.2 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  28.42 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  28.42 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  28.42 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  30.17 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 303 aa  87  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  25.08 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  27.5 
 
 		 302 aa  86.3  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  31.17 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  30.7 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  24.75 
 
 		 311 aa  85.9  8e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  30.7 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  24.75 
 
 		 311 aa  85.9  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  30.7 
 
 		 299 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  30.7 
 
 		 299 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  30.7 
 
 		 299 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  24.75 
 
 		 304 aa  85.5  9e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  25.08 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3798  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213693  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  29.96 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  29.96 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  24.75 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  29.96 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  29.96 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  29.96 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  29.96 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  29.96 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  29.96 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  27.59 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  29.96 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  29.2 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  26 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5852  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>