More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_1259 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
297 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
297 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  98.65 
 
 
297 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  94.95 
 
 
297 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  95.27 
 
 
297 aa  501  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  94.59 
 
 
297 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  94.01 
 
 
297 aa  478  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  73.63 
 
 
293 aa  433  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  72.26 
 
 
293 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  72.26 
 
 
292 aa  424  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  77.05 
 
 
301 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  71.48 
 
 
295 aa  411  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  76.63 
 
 
301 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  76.63 
 
 
301 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  76.63 
 
 
301 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  72.95 
 
 
293 aa  407  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  58.82 
 
 
308 aa  312  4.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  58.48 
 
 
308 aa  310  2e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  56.1 
 
 
296 aa  298  7e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 
302 aa  243  3e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
298 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 
299 aa  207  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  40.64 
 
 
298 aa  192  7e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 
296 aa  192  8e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
299 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 
298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.35 
 
 
300 aa  188  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
309 aa  186  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
297 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
300 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 
302 aa  185  7e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
313 aa  182  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 
300 aa  182  7e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
297 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
298 aa  178  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
297 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
309 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
301 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
302 aa  170  3e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  32.76 
 
 
304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  32.99 
 
 
302 aa  166  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
301 aa  166  5e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
295 aa  163  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
300 aa  162  7e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  30.69 
 
 
307 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.4 
 
 
296 aa  155  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  30.9 
 
 
302 aa  155  8e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  30.9 
 
 
302 aa  155  8e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  30.56 
 
 
304 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  30.56 
 
 
302 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  30.56 
 
 
302 aa  155  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  30.56 
 
 
311 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  30.56 
 
 
311 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  30.56 
 
 
302 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  29.66 
 
 
313 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 
305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  31.03 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  32.07 
 
 
317 aa  152  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  30.21 
 
 
302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  30.56 
 
 
302 aa  152  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  32.74 
 
 
295 aa  152  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  31.91 
 
 
300 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  32.62 
 
 
301 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 
299 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  30.9 
 
 
302 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  32.62 
 
 
299 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  32.62 
 
 
301 aa  151  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  32.62 
 
 
299 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  32.62 
 
 
299 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  32.62 
 
 
301 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  32.51 
 
 
297 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  32.62 
 
 
301 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  31.86 
 
 
299 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  30.21 
 
 
302 aa  150  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  31.86 
 
 
299 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  31.86 
 
 
297 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  32.27 
 
 
301 aa  149  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  31.86 
 
 
297 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  31.86 
 
 
299 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  31.21 
 
 
296 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  31.38 
 
 
301 aa  149  7e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 
296 aa  147  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  32.4 
 
 
299 aa  142  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  32.4 
 
 
299 aa  142  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  32.4 
 
 
299 aa  142  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  29.45 
 
 
296 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
295 aa  135  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
291 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0654  regulatory protein, LysR  29.73 
 
 
299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.480101 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
292 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>