More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1138 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  100 
 
 		 302 aa  625  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  93.38 
 
 		 302 aa  591  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  90.07 
 
 		 302 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  85.43 
 
 		 302 aa  546  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  82 
 
 		 311 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  83.67 
 
 		 302 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  83.67 
 
 		 302 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  82 
 
 		 304 aa  527  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  83 
 
 		 302 aa  528  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  82.33 
 
 		 302 aa  524  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  82 
 
 		 311 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  82 
 
 		 302 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  82 
 
 		 302 aa  521  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  81 
 
 		 307 aa  511  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  80.67 
 
 		 302 aa  513  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  75.17 
 
 		 304 aa  471  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  58.98 
 
 		 313 aa  369  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  59.18 
 
 		 301 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  58.28 
 
 		 299 aa  365  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  59.32 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  59.18 
 
 		 299 aa  365  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  59.18 
 
 		 299 aa  365  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  59.18 
 
 		 299 aa  365  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  58.84 
 
 		 301 aa  364  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  59.18 
 
 		 301 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  59.18 
 
 		 301 aa  366  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  57.95 
 
 		 301 aa  364  1e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  59.26 
 
 		 301 aa  362  3e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  58.5 
 
 		 300 aa  362  6e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  59.26 
 
 		 317 aa  361  1e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  58.31 
 
 		 299 aa  359  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  58.31 
 
 		 299 aa  359  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  58.31 
 
 		 299 aa  359  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  58.31 
 
 		 297 aa  359  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  58.31 
 
 		 297 aa  359  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  58.98 
 
 		 297 aa  358  6e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  57.82 
 
 		 296 aa  353  1e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  56.61 
 
 		 295 aa  347  2e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  55.93 
 
 		 299 aa  343  1e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  55.93 
 
 		 299 aa  343  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00975  transcriptional activator NhaR  58.66 
 
 		 283 aa  342  2.9999999999999997e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004424  transcriptional activator NhaR  59.01 
 
 		 283 aa  342  4e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00877643  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  55.59 
 
 		 299 aa  342  5e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.98 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 297 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 296 aa  186  5e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 303 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  153  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.34 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  28.57 
 
 		 301 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2018  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132801  normal  0.140237 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>