More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3458 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  78.52 
 
 		 298 aa  503  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  64.53 
 
 		 299 aa  407  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 298 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 309 aa  338  8e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  58.92 
 
 		 298 aa  338  9e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 298 aa  318  5e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 297 aa  318  6e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 297 aa  315  4e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 302 aa  315  8e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 297 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 297 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 300 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.16 
 
 		 300 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 309 aa  301  7.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  48.99 
 
 		 296 aa  289  5.0000000000000004e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 301 aa  282  4.0000000000000003e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 303 aa  272  6e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  46.94 
 
 		 298 aa  269  5e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  45.99 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 299 aa  259  4e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 		 300 aa  251  7e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 300 aa  249  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 301 aa  249  6e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 295 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 296 aa  230  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  39.19 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  39.19 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  39.19 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  39.19 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  39.19 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.27 
 
 		 296 aa  215  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  37.84 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  39.13 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  38.18 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  38.05 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  38.8 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  38.8 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  38.8 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  38.8 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  38.8 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  38.8 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  38.8 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  38.23 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  38.13 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  38.05 
 
 		 296 aa  205  6e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  38.87 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  37.79 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  37.46 
 
 		 296 aa  203  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  36.12 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 293 aa  199  6e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  34.78 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  35.35 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  35.35 
 
 		 311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  35.35 
 
 		 311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  37.75 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  37.75 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  37.75 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  35.02 
 
 		 302 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  34.78 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 292 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  35.23 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  34.45 
 
 		 302 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  33.22 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  33.78 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  33.78 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  34.78 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  34.01 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 295 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  34.15 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004424  transcriptional activator NhaR  35.54 
 
 		 283 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00877643  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00975  transcriptional activator NhaR  35.52 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  32.43 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 295 aa  172  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2018  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132801  normal  0.140237 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 297 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>