More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_2991 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
300 aa  612  9.999999999999999e-175  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 
299 aa  316  3e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 
302 aa  315  8e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 
300 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.47 
 
 
300 aa  311  9e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 
298 aa  303  3.0000000000000004e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  52.53 
 
 
302 aa  303  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 
301 aa  302  4.0000000000000003e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  52.19 
 
 
302 aa  302  6.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  52.19 
 
 
302 aa  301  9e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 
300 aa  301  1e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
297 aa  299  4e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
297 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
297 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
297 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
309 aa  287  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  50.35 
 
 
305 aa  286  2e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 
313 aa  286  2.9999999999999996e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  47.46 
 
 
296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 
309 aa  278  6e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 
301 aa  270  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 
302 aa  265  5.999999999999999e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 
298 aa  264  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 
298 aa  264  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 
298 aa  262  4.999999999999999e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
299 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 
295 aa  256  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
303 aa  255  7e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
298 aa  252  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
299 aa  251  7e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
296 aa  243  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 
298 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 
299 aa  235  6e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.14 
 
 
296 aa  222  6e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
293 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
296 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  38.64 
 
 
302 aa  208  9e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  38.64 
 
 
302 aa  208  9e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  37.97 
 
 
302 aa  208  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  37.97 
 
 
311 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 
308 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  37.97 
 
 
311 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  37.97 
 
 
304 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  38.31 
 
 
302 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  37.63 
 
 
302 aa  206  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  39.3 
 
 
308 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  37.29 
 
 
301 aa  204  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  37.63 
 
 
302 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  36.95 
 
 
301 aa  203  3e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  36.95 
 
 
301 aa  203  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  38.16 
 
 
302 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  36.27 
 
 
302 aa  203  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  36.95 
 
 
301 aa  202  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  36.49 
 
 
297 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  36.95 
 
 
299 aa  202  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  36.95 
 
 
299 aa  202  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  36.49 
 
 
297 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  36.95 
 
 
299 aa  202  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  36.49 
 
 
299 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  36.49 
 
 
299 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  36.95 
 
 
301 aa  202  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  36.49 
 
 
299 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 
299 aa  202  5e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  33.9 
 
 
313 aa  202  8e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  35.93 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
293 aa  199  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  35.57 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  35.81 
 
 
302 aa  199  7e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  35.81 
 
 
297 aa  198  7.999999999999999e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  35.25 
 
 
317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  38.83 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  34.92 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  35.81 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  35.93 
 
 
307 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
293 aa  192  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 
292 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
295 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  34.8 
 
 
296 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  36.27 
 
 
304 aa  189  4e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  34.34 
 
 
299 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  34.34 
 
 
299 aa  187  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  34.34 
 
 
299 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  35.81 
 
 
295 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  35.25 
 
 
302 aa  186  5e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00975  transcriptional activator NhaR  33.57 
 
 
283 aa  175  8e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004424  transcriptional activator NhaR  32.87 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00877643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
295 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  36.09 
 
 
294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
291 aa  166  4e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5661  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.145828  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
297 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
297 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
297 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
297 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
292 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>