More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3403 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3403  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 292 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00909  transcriptional regulator LysR family  74.31 
 
 		 296 aa  428  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0474149  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  67.47 
 
 		 292 aa  390  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0831  LysR family transcriptional regulator  67.02 
 
 		 303 aa  384  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0434505  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0995  transcriptional regulator  64.16 
 
 		 301 aa  353  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 291 aa  323  3e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  55.63 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0654  regulatory protein, LysR  55.21 
 
 		 299 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.480101 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2888  transcriptional regulator, LysR family  55.24 
 
 		 293 aa  295  5e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0176531 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5661  LysR family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 301 aa  295  5e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.145828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 302 aa  255  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2018  LysR family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 292 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132801  normal  0.140237 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 303 aa  232  4.0000000000000004e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4035  LysR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647876 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3484  transcriptional regulator, LysR family  43.55 
 
 		 292 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.5787  normal  0.103031 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4556  transcriptional regulator, LysR family  43.55 
 
 		 292 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230121  normal  0.746697 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5852  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3798  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 299 aa  162  7e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.69 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  135  9e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  31.62 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 296 aa  125  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  27.4 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.95 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  29.01 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  28.87 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  27.99 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  27.65 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  27.65 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  27.65 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  27.8 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  27.8 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  27.65 
 
 		 301 aa  105  9e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  27.8 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  27.8 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  27.8 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  27.65 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  27.65 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  27.65 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  25.43 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  26.8 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  26.8 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  26.8 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  28.28 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  27.46 
 
 		 296 aa  102  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  25.68 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  27.24 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  26.62 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  25.61 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>