More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2604 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 302 aa  354  1e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 299 aa  343  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  52.88 
 
 		 300 aa  339  4e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 297 aa  339  4e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  58.72 
 
 		 298 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.53 
 
 		 300 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  53.51 
 
 		 297 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 298 aa  335  3.9999999999999995e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 297 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 297 aa  332  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 313 aa  326  3e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 309 aa  322  7e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  55.29 
 
 		 296 aa  317  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 303 aa  315  4e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 299 aa  295  6e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  52.45 
 
 		 305 aa  292  5e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 309 aa  290  3e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  48.31 
 
 		 300 aa  282  5.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 300 aa  276  3e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 298 aa  275  8e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  48.45 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 302 aa  256  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 302 aa  256  3e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 301 aa  238  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 296 aa  235  7e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 295 aa  225  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  39.79 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  39.1 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 296 aa  209  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  38.83 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  38.83 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  38.83 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  38.83 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  38.83 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.67 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  40.99 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  39.22 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  38.83 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  39.58 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  39.58 
 
 		 304 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  39.58 
 
 		 311 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  39.58 
 
 		 311 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  39.58 
 
 		 300 aa  206  6e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  38.49 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  39.22 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  38.49 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  38.49 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  38.49 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  38.49 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  38.49 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  38.49 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  39.22 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  39.22 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  38.83 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  39.22 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  37.59 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  34.6 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  38.01 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  38.06 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  38.06 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  38.06 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  38.06 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  37.93 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  37.76 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  38.52 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  37.81 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  38.16 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 293 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  36.4 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  37.46 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 293 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00975  transcriptional activator NhaR  35.48 
 
 		 283 aa  175  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004424  transcriptional activator NhaR  35.13 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00877643  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5661  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.145828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>