More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0541 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0541  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  595  1e-169  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.693212  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 329 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 329 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.89 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 326 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  23.55 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 309 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 325 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  29.95 
 
 		 292 aa  97.4  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 321 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 320 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 341 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 318 aa  96.3  5e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 305 aa  96.3  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18090  transcriptional regulator  31.88 
 
 		 289 aa  94.7  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.69 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.69 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  25.9 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 309 aa  93.6  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 304 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02985  DNA-binding transcriptional activator  27.53 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0585  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0580  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.53 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4431  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.53 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0908114 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02936  hypothetical protein  27.53 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3414  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.53 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3306  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.53 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180291  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3592  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.53 
 
 		 312 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3239  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.13 
 
 		 312 aa  91.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 327 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 299 aa  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 339 aa  91.3  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 351 aa  90.5  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2711  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 292 aa  90.9  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.991378  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 321 aa  90.1  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  33.95 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 311 aa  89  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  29.14 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.89 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.5 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.89 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.89 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 337 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.89 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.89 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.89 
 
 		 311 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.63 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 316 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 397 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 397 aa  87  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 314 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  23.73 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3436  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.05 
 
 		 312 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.716587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 308 aa  85.9  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3603  DNA-binding transcriptional activator TdcA  24.68 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.835154 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  27.4 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3540  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.05 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0279339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  27.4 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3507  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.05 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  28.07 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  27.4 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3433  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.05 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>