More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3018 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3018  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  624  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0614588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.26 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.89 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  28.89 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.89 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.89 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.89 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.89 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.94 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.62 
 
 		 292 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.92 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.92 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.3 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.78 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  26.87 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.51 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.51 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  26.87 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.51 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.46 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.51 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  26.87 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  26.87 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.72 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 299 aa  97.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.72 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.72 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.92 
 
 		 311 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  95.9  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  26.18 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  25.85 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  31.03 
 
 		 300 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.49 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  22.76 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.27 
 
 		 307 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 301 aa  92.8  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 308 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.89 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  28.67 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 308 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 308 aa  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.07 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2357  LysR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2400  LysR substrate-binding  23.4 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 311 aa  90.1  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 308 aa  90.1  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 308 aa  90.1  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 312 aa  89.7  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 312 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 307 aa  89.4  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6026  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 323 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.306271 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.86 
 
 		 328 aa  89.4  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 321 aa  89  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 321 aa  89  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 321 aa  88.6  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 341 aa  89  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 298 aa  89  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.3 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.11 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 317 aa  87.8  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.51 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 307 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 329 aa  87  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 304 aa  87  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 331 aa  86.7  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 307 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 307 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 301 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 313 aa  85.9  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>