More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_2877 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_2877  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  617  1e-176  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.18 
 
 		 325 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 292 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 291 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6026  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 323 aa  99  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.306271 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0553  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.141642  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  31.49 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4699  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 340 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254912  normal  0.0113206 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 297 aa  92.8  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 298 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  25.35 
 
 		 298 aa  92.4  9e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 322 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 292 aa  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  25.33 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.72 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2261  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 327 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.21 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  29.21 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 291 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  23.72 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 299 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.94 
 
 		 302 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  25.99 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  33.54 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 317 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  20.73 
 
 		 296 aa  85.9  9e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  27.96 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  29.04 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.95 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4333  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.95 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  27.95 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1988  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3352  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00848544  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  25.51 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  27.55 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0664  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>