105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4397 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4397  copper resistance D  100 
 
 		 319 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0114  copper resistance protein D  34.81 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1722  copper resistance D domain protein  38.17 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.53795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5339  copper resistance D domain protein  38.17 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5668  copper resistance protein D  37.5 
 
 		 299 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.276467  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5103  copper resistance D domain protein  36.54 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.013846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4272  copper resistance D  35.05 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2141  copper resistance D  39.78 
 
 		 310 aa  119  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0947534  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1776  copper resistance D domain protein  38.17 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0404803  normal  0.203133 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6115  copper resistance protein CopD  34.02 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0426726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1837  copper resistance D domain protein  33.98 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.124234  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3474  copper resistance D domain-containing protein  33.96 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.19492  normal  0.258562 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3413  copper resistance D domain-containing protein  35.25 
 
 		 309 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0444  copper resistance D domain-containing protein  35.83 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2617  copper resistance D domain-containing protein  41.9 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.893845 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2924  copper resistance D  38.37 
 
 		 284 aa  99.4  8e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2346  copper resistance D domain-containing protein  38.52 
 
 		 305 aa  96.3  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0659  copper resistance D transmembrane protein  36.25 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2069  copper resistance protein D  29.03 
 
 		 290 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1802  copper resistance D domain protein  29.03 
 
 		 290 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.959003  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1931  copper resistance protein D  29.35 
 
 		 290 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1792  copper resistance D domain-containing protein  29.35 
 
 		 290 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0547124 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1347  copper resistance protein D  29.35 
 
 		 290 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.579669  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2575  copper resistance protein D  29.35 
 
 		 290 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.711615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2411  copper resistance D domain-containing protein  27.83 
 
 		 290 aa  89  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2088  copper resistance protein D  30.49 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1250  copper resistance protein D  30.49 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2486  copper resistance D  32.64 
 
 		 303 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.877356  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2426  copper resistance D  40 
 
 		 322 aa  87.4  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2115  copper resistance protein D  29.03 
 
 		 290 aa  87  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01811  predicted inner membrane protein  28.71 
 
 		 290 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01799  hypothetical protein  28.71 
 
 		 290 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2033  copper resistance protein D  30.49 
 
 		 291 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.18455 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1375  copper resistance protein D  30.49 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000101149 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4216  Cu resistance protein  32.75 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2164  copper resistance D domain protein  39.18 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.600658 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2028  copper resistance protein D  30.82 
 
 		 291 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2338  copper resistance protein D  29.41 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.30506  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1496  copper resistance D  33.15 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1944  copper resistance D domain-containing protein  28.52 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0029379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2436  copper resistance D domain-containing protein  29.41 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1622  copper resistance protein D  29.41 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.283422  normal  0.570002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3813  copper resistance D  37.71 
 
 		 287 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2341  copper resistance D domain-containing protein  33.57 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3447  copper resistance D  32.37 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13077 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3426  hypothetical protein  27.34 
 
 		 547 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.270494  hitchhiker  0.000000170591 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1917  hypothetical protein  26.95 
 
 		 549 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0603122  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1731  copper resistance protein  28.12 
 
 		 547 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1949  hypothetical protein  26.95 
 
 		 439 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.98353e-19 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1753  copper resistance protein  27.73 
 
 		 544 aa  65.1  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00167581  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1997  hypothetical protein  27.73 
 
 		 544 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0259968  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1786  copper resistance D domain-containing protein  28.11 
 
 		 547 aa  64.7  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0445487  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3571  copper resistance protein CopC  32.59 
 
 		 564 aa  64.7  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.632207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2018  hypothetical protein  27.34 
 
 		 549 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000046184  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2237  copper resistance D domain protein  34.8 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1126  copper resistance protein CopC  33.95 
 
 		 560 aa  61.6  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3973  copper resistance protein CopC  35.8 
 
 		 565 aa  61.6  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0455106  normal  0.334703 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2633  copper resistance protein CopC  28.1 
 
 		 613 aa  60.8  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1774  hypothetical protein  26.56 
 
 		 544 aa  59.3  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1912  hypothetical protein  26.56 
 
 		 544 aa  59.3  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0106079  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6631  copper resistance D domain protein  27.71 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3717  copper resistance D domain protein  29.6 
 
 		 718 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1206  copper resistance D domain-containing protein  35.38 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2651  copper resistance protein, putative  26.01 
 
 		 364 aa  57  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.352675  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3065  copper resistance protein CopC  32.16 
 
 		 578 aa  56.6  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000363543  decreased coverage  0.00940115 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00389  putative copper export protein  24.36 
 
 		 295 aa  55.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3277  copper resistance protein CopC  37.14 
 
 		 528 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.862624  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1742  copper resistance D  32.06 
 
 		 288 aa  54.3  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0121133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2448  copper resistance D domain protein  25.23 
 
 		 687 aa  54.3  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.020578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2426  copper resistance D  37.58 
 
 		 539 aa  53.5  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441884  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1013  copper resistance protein CopC  40.95 
 
 		 551 aa  53.9  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5430  copper resistance protein CopC  25.67 
 
 		 552 aa  53.1  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.982748  normal  0.283558 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4174  copper resistance protein CopC  34.88 
 
 		 559 aa  52  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1972  copper resistance D domain-containing protein  26.74 
 
 		 306 aa  52  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.910407  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3915  copper resistance D domain-containing protein  29.01 
 
 		 718 aa  52  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2125  copper resistance D domain protein  29.63 
 
 		 292 aa  52.4  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2060  copper resistance D domain protein  30.5 
 
 		 400 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1122  copper resistance protein CopC  43.3 
 
 		 607 aa  51.2  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.747822 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1602  copper resistance D domain-containing protein  37.72 
 
 		 383 aa  50.4  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.265845 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2222  copper resistance D domain protein  34.53 
 
 		 302 aa  50.1  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.16421  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0467  copper resistance D domain protein  33.21 
 
 		 313 aa  50.1  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2513  hypothetical protein  37.09 
 
 		 621 aa  48.9  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1652  copper resistance D domain-containing protein  23.35 
 
 		 927 aa  48.9  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5053  copper resistance D  40.98 
 
 		 309 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.659373  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5141  copper resistance D domain-containing protein  40.98 
 
 		 309 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35680  predicted membrane protein  32.8 
 
 		 708 aa  48.1  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2596  copper resistance protein  35.33 
 
 		 512 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.449295  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11750  predicted membrane protein  40.21 
 
 		 651 aa  47.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.411615 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1809  copper resistance D domain protein  28.74 
 
 		 686 aa  47.8  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00146135  normal  0.0268044 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1118  copper resistance protein CopC  36.54 
 
 		 663 aa  47.4  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3202  copper resistance protein CopC  35.71 
 
 		 588 aa  47.4  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0543765  normal  0.0172994 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5782  copper resistance protein CopC  38.97 
 
 		 869 aa  47  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0807  copper resistance protein  38.38 
 
 		 559 aa  45.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14159  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5432  copper resistance D domain-containing protein  40.16 
 
 		 309 aa  45.4  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.165296  normal  0.69712 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0419  copper resistance D domain-containing protein  35.51 
 
 		 576 aa  45.4  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.080355  normal  0.760489 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7241  copper resistance protein CopC  28.16 
 
 		 649 aa  44.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.0000107682  normal  0.329428 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5008  copper resistance protein CopC  40.62 
 
 		 513 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2012  putative copper-resistance membrane protein  30.13 
 
 		 314 aa  43.5  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2198  copper resistance D  31.03 
 
 		 519 aa  43.5  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0717  putative copper resistance protein D  30.13 
 
 		 314 aa  43.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.190026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>