143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5008 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5008  copper resistance protein CopC  100 
 
 		 513 aa  952    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3277  copper resistance protein CopC  39.25 
 
 		 528 aa  244  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.862624  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2198  copper resistance D  40.76 
 
 		 519 aa  241  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2426  copper resistance D  41.57 
 
 		 539 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441884  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0419  copper resistance D domain-containing protein  38.01 
 
 		 576 aa  218  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.080355  normal  0.760489 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2596  copper resistance protein  39.24 
 
 		 512 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.449295  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1126  copper resistance protein CopC  27.66 
 
 		 560 aa  103  9e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3973  copper resistance protein CopC  29.22 
 
 		 565 aa  94.4  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0455106  normal  0.334703 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1122  copper resistance protein CopC  30.19 
 
 		 607 aa  93.6  8e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.747822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3571  copper resistance protein CopC  28.73 
 
 		 564 aa  93.2  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.632207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2411  copper resistance D domain-containing protein  32.75 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2633  copper resistance protein CopC  26.36 
 
 		 613 aa  78.2  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1013  copper resistance protein CopC  30.23 
 
 		 551 aa  72  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0566  copper resistance protein CopC  35 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3426  hypothetical protein  21.67 
 
 		 547 aa  67.4  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.270494  hitchhiker  0.000000170591 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3065  copper resistance protein CopC  27.17 
 
 		 578 aa  66.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000363543  decreased coverage  0.00940115 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0197  copper resistance protein CopC  41 
 
 		 244 aa  66.2  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4480  copper resistance protein CopC  30.9 
 
 		 632 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.427384  normal  0.536935 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5052  copper resistance protein CopC  38 
 
 		 174 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5140  copper resistance protein CopC  38 
 
 		 174 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.184772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5431  copper resistance protein CopC  38 
 
 		 174 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0656752  normal  0.870052 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5386  copper resistance protein CopC  38.66 
 
 		 170 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.370102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1375  copper resistance protein D  39.06 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000101149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3270  copper resistance protein CopC  37.5 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1500  copper resistance protein CopC  27.97 
 
 		 590 aa  63.9  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5659  copper resistance protein CopC  38.66 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.531469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1917  hypothetical protein  23.16 
 
 		 549 aa  63.5  0.000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0603122  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2033  copper resistance protein D  37.5 
 
 		 291 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.18455 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2088  copper resistance protein D  38.28 
 
 		 291 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2028  copper resistance protein D  38.28 
 
 		 291 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1250  copper resistance protein D  38.28 
 
 		 291 aa  63.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1206  copper resistance D domain-containing protein  36.25 
 
 		 288 aa  62.4  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7241  copper resistance protein CopC  29.73 
 
 		 649 aa  61.6  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.0000107682  normal  0.329428 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2018  hypothetical protein  23.67 
 
 		 549 aa  61.6  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000046184  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1774  hypothetical protein  21.49 
 
 		 544 aa  60.8  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1912  hypothetical protein  21.49 
 
 		 544 aa  60.8  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0106079  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5782  copper resistance protein CopC  32.76 
 
 		 869 aa  60.8  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4397  copper resistance D  42.64 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2472  copper resistance protein CopC  40 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4290  copper resistance D domain-containing protein  30.46 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180937  normal  0.688919 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0252  copper resistance D domain-containing protein  30.46 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.956933  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1802  copper resistance D domain protein  39.1 
 
 		 290 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.959003  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1753  copper resistance protein  21.7 
 
 		 544 aa  59.3  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00167581  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1731  copper resistance protein  21.58 
 
 		 547 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1809  copper resistance D domain protein  34.19 
 
 		 686 aa  59.7  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00146135  normal  0.0268044 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3714  copper resistance protein CopC  35.04 
 
 		 226 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.119467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1931  copper resistance protein D  39.1 
 
 		 290 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1792  copper resistance D domain-containing protein  39.1 
 
 		 290 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0547124 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1726  copper resistance protein CopC  35.65 
 
 		 207 aa  59.7  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.889834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2575  copper resistance protein D  39.1 
 
 		 290 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.711615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2069  copper resistance protein D  39.1 
 
 		 290 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1347  copper resistance protein D  39.1 
 
 		 290 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.579669  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2115  copper resistance protein D  39.1 
 
 		 290 aa  59.3  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1776  copper resistance D domain protein  34.76 
 
 		 309 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0404803  normal  0.203133 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2141  copper resistance D  34.22 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0947534  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2624  copper resistance protein CopC  26.24 
 
 		 546 aa  58.5  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1118  copper resistance protein CopC  22.8 
 
 		 663 aa  58.5  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0041  copper resistance protein CopC  36.7 
 
 		 182 aa  58.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2807  copper resistance protein CopC  36.13 
 
 		 229 aa  58.5  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5351  copper resistance protein CopC  35.04 
 
 		 226 aa  58.5  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6847  conserved hypothetical protein of Cu resistance protein CopC-like protein  33.62 
 
 		 188 aa  58.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00389  putative copper export protein  28.57 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4174  copper resistance protein CopC  34.55 
 
 		 559 aa  58.2  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06090  uncharacterized protein, copper resistance protein CopC-like protein  35.11 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5339  copper resistance D domain protein  33.16 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1722  copper resistance D domain protein  33.16 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.53795  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0625  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  31.29 
 
 		 731 aa  57  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0427977  normal  0.664507 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2635  copper resistance protein CopC  34.65 
 
 		 571 aa  57  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4536  copper resistance protein CopC  31.86 
 
 		 189 aa  57  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.450196 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1786  copper resistance D domain-containing protein  21.75 
 
 		 547 aa  56.6  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0445487  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01811  predicted inner membrane protein  37.59 
 
 		 290 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01799  hypothetical protein  37.59 
 
 		 290 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1972  copper resistance D domain-containing protein  27.47 
 
 		 306 aa  56.2  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.910407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1997  hypothetical protein  21.11 
 
 		 544 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0259968  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24410  uncharacterized protein, copper resistance protein CopC-like protein  33.03 
 
 		 214 aa  55.8  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0208823  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1501  copper resistance protein CopC  31.65 
 
 		 172 aa  55.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.456265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1028  copper resistance protein CopC  32.99 
 
 		 184 aa  55.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0204789 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2634  copper resistance protein CopC  31.82 
 
 		 173 aa  55.5  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3378  copper resistance protein CopC  35.35 
 
 		 284 aa  54.7  0.000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0755618  hitchhiker  0.00467806 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00324  putative copper export protein  29.03 
 
 		 304 aa  54.3  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.170745  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1127  copper resistance protein CopC  33.33 
 
 		 178 aa  53.5  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.035308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4545  copper resistance protein CopC  33.33 
 
 		 241 aa  53.5  0.000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11750  predicted membrane protein  37.8 
 
 		 651 aa  52.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.411615 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11740  uncharacterized protein, copper resistance protein CopC-like protein  31.31 
 
 		 208 aa  53.1  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.245018  normal  0.434498 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3575  copper resistance protein CopC  35.29 
 
 		 217 aa  53.5  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.310709  normal  0.0481479 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1944  copper resistance D domain-containing protein  41.13 
 
 		 293 aa  53.5  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0029379 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2924  copper resistance D  35.75 
 
 		 284 aa  52.8  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1067  copper resistance protein CopC  31.49 
 
 		 593 aa  52.4  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4289  copper resistance protein CopC  28.97 
 
 		 140 aa  52.4  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.379862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0251  copper resistance protein CopC  28.97 
 
 		 140 aa  52.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3510  copper resistance protein CopC  34.23 
 
 		 172 aa  52.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0963  hypothetical protein  30.95 
 
 		 692 aa  52  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0463859  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3202  copper resistance protein CopC  31.69 
 
 		 588 aa  51.2  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0543765  normal  0.0172994 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1244  copper resistance D domain-containing protein  32.28 
 
 		 664 aa  50.8  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.774538  normal  0.0784531 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2338  copper resistance protein D  34.4 
 
 		 294 aa  51.2  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.30506  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1837  copper resistance D domain protein  32.99 
 
 		 309 aa  50.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.124234  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1160  copper resistance protein CopC  33.01 
 
 		 180 aa  50.4  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5776  copper resistance protein CopC  27.21 
 
 		 577 aa  50.1  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.83623  normal  0.531658 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5103  copper resistance D domain protein  33.88 
 
 		 309 aa  50.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.013846 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0468  copper resistance protein CopC  35.43 
 
 		 126 aa  49.7  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>