85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5103 on replicon NC_012849
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5103  copper resistance D domain protein  100 
 
 
309 aa  598  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.013846 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1837  copper resistance D domain protein  95.15 
 
 
309 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.124234  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1776  copper resistance D domain protein  74.76 
 
 
309 aa  448  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0404803  normal  0.203133 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1722  copper resistance D domain protein  73.79 
 
 
309 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.53795  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5339  copper resistance D domain protein  73.79 
 
 
309 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0444  copper resistance D domain-containing protein  59.87 
 
 
308 aa  333  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0659  copper resistance D transmembrane protein  66.23 
 
 
309 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6115  copper resistance protein CopD  55.12 
 
 
305 aa  298  8e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0426726  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1496  copper resistance D  48.36 
 
 
310 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5668  copper resistance protein D  48.86 
 
 
299 aa  248  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.276467  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2486  copper resistance D  46.1 
 
 
303 aa  219  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.877356  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3413  copper resistance D domain-containing protein  39.8 
 
 
309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2341  copper resistance D domain-containing protein  44.23 
 
 
317 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312055  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2141  copper resistance D  37.25 
 
 
310 aa  162  9e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0947534  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2346  copper resistance D domain-containing protein  38.93 
 
 
305 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3813  copper resistance D  44.22 
 
 
287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2426  copper resistance D  38.61 
 
 
322 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2164  copper resistance D domain protein  38.13 
 
 
294 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.600658 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2617  copper resistance D domain-containing protein  33.88 
 
 
290 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.893845 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2924  copper resistance D  38.46 
 
 
284 aa  112  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4397  copper resistance D  36.54 
 
 
319 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4272  copper resistance D  34.53 
 
 
310 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2411  copper resistance D domain-containing protein  32.32 
 
 
290 aa  92.4  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3474  copper resistance D domain-containing protein  30.38 
 
 
316 aa  91.3  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.19492  normal  0.258562 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0114  copper resistance protein D  33.99 
 
 
309 aa  90.9  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1622  copper resistance protein D  29.78 
 
 
294 aa  86.3  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.283422  normal  0.570002 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2338  copper resistance protein D  29.78 
 
 
294 aa  85.5  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.30506  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2436  copper resistance D domain-containing protein  29.78 
 
 
294 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1802  copper resistance D domain protein  28.38 
 
 
290 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.959003  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1931  copper resistance protein D  28.05 
 
 
290 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1792  copper resistance D domain-containing protein  28.05 
 
 
290 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0547124 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01811  predicted inner membrane protein  27.72 
 
 
290 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1375  copper resistance protein D  30.23 
 
 
291 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000101149 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2069  copper resistance protein D  29.17 
 
 
290 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01799  hypothetical protein  27.72 
 
 
290 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2033  copper resistance protein D  30.23 
 
 
291 aa  79.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.18455 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2088  copper resistance protein D  30.23 
 
 
291 aa  79.3  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1250  copper resistance protein D  30.23 
 
 
291 aa  79.3  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2575  copper resistance protein D  27.72 
 
 
290 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.711615  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1347  copper resistance protein D  27.72 
 
 
290 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.579669  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2115  copper resistance protein D  27.72 
 
 
290 aa  77.8  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2237  copper resistance D domain protein  31 
 
 
291 aa  76.3  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2028  copper resistance protein D  29.18 
 
 
291 aa  75.9  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1944  copper resistance D domain-containing protein  41.35 
 
 
293 aa  73.6  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0029379 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4216  Cu resistance protein  27.71 
 
 
292 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3447  copper resistance D  36.21 
 
 
285 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.13077 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1013  copper resistance protein CopC  30.91 
 
 
551 aa  57.8  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113748  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2125  copper resistance D domain protein  24.55 
 
 
292 aa  54.7  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1500  copper resistance protein CopC  33.86 
 
 
590 aa  53.9  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5782  copper resistance protein CopC  34.97 
 
 
869 aa  53.9  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1206  copper resistance D domain-containing protein  39.19 
 
 
288 aa  52.8  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1972  copper resistance D domain-containing protein  31.33 
 
 
306 aa  50.8  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.910407  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2651  copper resistance protein, putative  29.35 
 
 
364 aa  50.1  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.352675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1753  copper resistance protein  21.69 
 
 
544 aa  49.3  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00167581  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2222  copper resistance D domain protein  34.9 
 
 
302 aa  48.9  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.16421  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1118  copper resistance protein CopC  31.82 
 
 
663 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0252  copper resistance D domain-containing protein  32.43 
 
 
298 aa  48.1  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.956933  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4290  copper resistance D domain-containing protein  32.43 
 
 
298 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180937  normal  0.688919 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1997  hypothetical protein  24.68 
 
 
544 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0259968  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2018  hypothetical protein  24.05 
 
 
549 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000046184  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5193  copper resistance D domain-containing protein  33.17 
 
 
313 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.216741  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1731  copper resistance protein  21.69 
 
 
547 aa  47  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0717  putative copper resistance protein D  31.33 
 
 
314 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.190026  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6631  copper resistance D domain protein  26.42 
 
 
283 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3356  copper resistance D domain-containing protein  32.18 
 
 
306 aa  46.6  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1949  hypothetical protein  31.58 
 
 
439 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.98353e-19 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1912  hypothetical protein  20.88 
 
 
544 aa  46.6  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0106079  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1774  hypothetical protein  20.88 
 
 
544 aa  46.6  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3426  hypothetical protein  32.63 
 
 
547 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.270494  hitchhiker  0.000000170591 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3571  copper resistance protein CopC  30.99 
 
 
564 aa  45.8  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.632207  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1917  hypothetical protein  32.63 
 
 
549 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0603122  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0467  copper resistance D domain protein  30.03 
 
 
313 aa  45.8  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1786  copper resistance D domain-containing protein  22.31 
 
 
547 aa  45.4  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0445487  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00389  putative copper export protein  26.56 
 
 
295 aa  44.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5008  copper resistance protein CopC  38.89 
 
 
513 aa  44.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3973  copper resistance protein CopC  29.82 
 
 
565 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0455106  normal  0.334703 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2320  cytochrome c, class I  24.39 
 
 
702 aa  43.9  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2760  cytochrome c, class I  24.39 
 
 
702 aa  43.9  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2012  putative copper-resistance membrane protein  31.76 
 
 
314 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6848  hypothetical protein  33.62 
 
 
343 aa  44.3  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3532  copper resistance D domain protein  30.58 
 
 
314 aa  43.5  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264949  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4608  copper resistance D domain protein  30.58 
 
 
314 aa  43.5  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2448  copper resistance D domain protein  25.11 
 
 
687 aa  43.5  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.020578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0419  copper resistance D domain-containing protein  32.65 
 
 
576 aa  43.5  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.080355  normal  0.760489 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0498  copper resistance D domain-containing protein  38.96 
 
 
300 aa  42.4  0.01  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>