101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4272 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4272  copper resistance D  100 
 
 		 310 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0114  copper resistance protein D  56.73 
 
 		 309 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3474  copper resistance D domain-containing protein  44.27 
 
 		 316 aa  238  8e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.19492  normal  0.258562 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4397  copper resistance D  37.7 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3413  copper resistance D domain-containing protein  32.18 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5103  copper resistance D domain protein  35.74 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.013846 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6115  copper resistance protein CopD  34.73 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0426726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5668  copper resistance protein D  37.18 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.276467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2617  copper resistance D domain-containing protein  35.37 
 
 		 290 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.893845 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2346  copper resistance D domain-containing protein  38.02 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1375  copper resistance protein D  32.03 
 
 		 291 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000101149 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2033  copper resistance protein D  32.03 
 
 		 291 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.18455 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2088  copper resistance protein D  31.7 
 
 		 291 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1250  copper resistance protein D  31.7 
 
 		 291 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1837  copper resistance D domain protein  34.43 
 
 		 309 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.124234  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2436  copper resistance D domain-containing protein  35 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0444  copper resistance D domain-containing protein  33.68 
 
 		 308 aa  105  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2028  copper resistance protein D  31.7 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1622  copper resistance protein D  34.62 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.283422  normal  0.570002 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2141  copper resistance D  32.58 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0947534  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2338  copper resistance protein D  34.62 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.30506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2069  copper resistance protein D  31.17 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1722  copper resistance D domain protein  33.66 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.53795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5339  copper resistance D domain protein  33.66 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2411  copper resistance D domain-containing protein  33.66 
 
 		 290 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1931  copper resistance protein D  30.87 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1792  copper resistance D domain-containing protein  30.87 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0547124 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1776  copper resistance D domain protein  33.99 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0404803  normal  0.203133 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2575  copper resistance protein D  30.87 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.711615  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1802  copper resistance D domain protein  30.55 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.959003  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01811  predicted inner membrane protein  30.55 
 
 		 290 aa  99  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01799  hypothetical protein  30.55 
 
 		 290 aa  99  9e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1944  copper resistance D domain-containing protein  34.22 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0029379 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1496  copper resistance D  31.29 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2115  copper resistance protein D  30.55 
 
 		 290 aa  98.2  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1347  copper resistance protein D  30.23 
 
 		 290 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.579669  normal  0.306332 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2426  copper resistance D  35.19 
 
 		 322 aa  91.3  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2486  copper resistance D  37.77 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.877356  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2924  copper resistance D  34.2 
 
 		 284 aa  88.2  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4216  Cu resistance protein  35.64 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3447  copper resistance D  33.88 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13077 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0659  copper resistance D transmembrane protein  39.92 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3571  copper resistance protein CopC  33.65 
 
 		 564 aa  78.2  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.632207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3973  copper resistance protein CopC  37.3 
 
 		 565 aa  76.3  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0455106  normal  0.334703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3813  copper resistance D  37.36 
 
 		 287 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0467  copper resistance D domain protein  35.2 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2164  copper resistance D domain protein  37.5 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.600658 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2341  copper resistance D domain-containing protein  36.42 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1206  copper resistance D domain-containing protein  37.74 
 
 		 288 aa  68.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1753  copper resistance protein  26.4 
 
 		 544 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00167581  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1949  hypothetical protein  26.8 
 
 		 439 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.98353e-19 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6631  copper resistance D domain protein  32.24 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1774  hypothetical protein  26 
 
 		 544 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1912  hypothetical protein  26 
 
 		 544 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0106079  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1917  hypothetical protein  26.4 
 
 		 549 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0603122  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4608  copper resistance D domain protein  33.16 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3532  copper resistance D domain protein  33.16 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2125  copper resistance D domain protein  32.34 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2651  copper resistance protein, putative  27.08 
 
 		 364 aa  63.5  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.352675  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2018  hypothetical protein  25.9 
 
 		 549 aa  63.5  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000046184  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1731  copper resistance protein  25.2 
 
 		 547 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.119991  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3426  hypothetical protein  26.69 
 
 		 547 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.270494  hitchhiker  0.000000170591 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1997  hypothetical protein  26.29 
 
 		 544 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0259968  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1742  copper resistance D  30.62 
 
 		 288 aa  62.8  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0121133  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2237  copper resistance D domain protein  30.69 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1652  copper resistance D domain-containing protein  25 
 
 		 927 aa  61.2  0.00000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3065  copper resistance protein CopC  32.37 
 
 		 578 aa  60.1  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000363543  decreased coverage  0.00940115 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2222  copper resistance D domain protein  38.82 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.16421  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1786  copper resistance D domain-containing protein  25.1 
 
 		 547 aa  57.4  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0445487  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5782  copper resistance protein CopC  36.44 
 
 		 869 aa  57  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00324  putative copper export protein  25.99 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.170745  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2012  putative copper-resistance membrane protein  29.02 
 
 		 314 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0717  putative copper resistance protein D  28.07 
 
 		 314 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.190026  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2513  hypothetical protein  31.63 
 
 		 621 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2060  copper resistance D domain protein  34.78 
 
 		 400 aa  54.7  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4174  copper resistance protein CopC  30.18 
 
 		 559 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1013  copper resistance protein CopC  33.9 
 
 		 551 aa  52.8  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5430  copper resistance protein CopC  29.89 
 
 		 552 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.982748  normal  0.283558 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2633  copper resistance protein CopC  27.57 
 
 		 613 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3202  copper resistance protein CopC  37.11 
 
 		 588 aa  51.6  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0543765  normal  0.0172994 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1126  copper resistance protein CopC  31.97 
 
 		 560 aa  50.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6288  copper resistance D domain-containing protein  30.13 
 
 		 313 aa  49.7  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.228159 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1118  copper resistance protein CopC  28.76 
 
 		 663 aa  49.7  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1972  copper resistance D domain-containing protein  25.56 
 
 		 306 aa  49.3  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.910407  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2761  copper resistance protein D  33.51 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3915  copper resistance D domain-containing protein  25.44 
 
 		 718 aa  48.1  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4290  copper resistance D domain-containing protein  25.66 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180937  normal  0.688919 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0252  copper resistance D domain-containing protein  25.66 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.956933  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3356  copper resistance D domain-containing protein  30.65 
 
 		 306 aa  47  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0963  hypothetical protein  34.23 
 
 		 692 aa  46.2  0.0007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0463859  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3543  copper resistance D  27.69 
 
 		 314 aa  46.2  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.324754  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00389  putative copper export protein  30.19 
 
 		 295 aa  45.4  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1956  copper resistance protein, putative  30.23 
 
 		 315 aa  45.1  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1602  copper resistance D domain-containing protein  42.31 
 
 		 383 aa  44.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.265845 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5193  copper resistance D domain-containing protein  30.65 
 
 		 313 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.216741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0269  cytochrome b5  36.36 
 
 		 317 aa  43.9  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.907085  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5053  copper resistance D  39.73 
 
 		 309 aa  43.9  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.659373  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5141  copper resistance D domain-containing protein  39.73 
 
 		 309 aa  43.9  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0625  putative copper resistance protein D  29.46 
 
 		 315 aa  43.5  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645625  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7241  copper resistance protein CopC  25.16 
 
 		 649 aa  43.9  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  unclonable  0.0000107682  normal  0.329428 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>