100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4384 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4267  copper tolerance protein  77.63 
 
 		 488 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4384  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 485 aa  977    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0118  putative copper resistance protein  74.19 
 
 		 543 aa  658    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1090  outer membrane efflux protein  70.35 
 
 		 483 aa  675    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4633  outer membrane efflux protein  92.58 
 
 		 485 aa  902    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.706868  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6518  putative Outer membrane efflux protein  68.36 
 
 		 475 aa  613  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.753245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4826  outer membrane efflux protein  53.23 
 
 		 475 aa  429  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.836634  normal  0.338795 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4601  outer membrane efflux protein  53.23 
 
 		 475 aa  429  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.332073  normal  0.615443 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4904  outer membrane efflux protein  50 
 
 		 488 aa  423  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.878997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7875  outer membrane efflux protein  46.39 
 
 		 483 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.639992  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2578  outer membrane efflux protein  44.76 
 
 		 535 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0560227  normal  0.684538 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1030  outer membrane efflux protein  46.4 
 
 		 535 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6071  outer membrane efflux protein  42.34 
 
 		 486 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.362565  normal  0.0749065 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0314  outer membrane efflux protein  44.59 
 
 		 486 aa  355  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.116177  normal  0.192391 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5861  conserved hypothetical conserved membrane protein  44.63 
 
 		 488 aa  342  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0496  putative copper resistance-related lipoprotein  41.81 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.620872 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3911  outer membrane efflux protein  43.72 
 
 		 470 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0120008  normal  0.391344 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4025  outer membrane efflux protein  43.72 
 
 		 470 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000146806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2295  putative outer membrane efflux protein involved in copper resistance  40.97 
 
 		 476 aa  340  5e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.332291  normal  0.176348 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6292  outer membrane efflux protein  40.36 
 
 		 498 aa  333  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260908 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2041  outer membrane efflux protein  40.13 
 
 		 501 aa  329  6e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1633  putative copper resistance-related lipoprotein  43.02 
 
 		 479 aa  329  8e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.158935 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3413  outer membrane efflux protein  39.35 
 
 		 500 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4754  outer membrane efflux protein  39.35 
 
 		 500 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.203593  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2765  outer membrane efflux protein  39.06 
 
 		 498 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0713  outer membrane efflux protein  41.57 
 
 		 554 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2008  copper tolerance protein  41.57 
 
 		 554 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4103  outer membrane efflux protein  39.64 
 
 		 500 aa  320  5e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733493  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9851  copper tolerance protein  41.7 
 
 		 486 aa  319  7e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0621  outer membrane efflux protein  41.34 
 
 		 554 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1960  copper tolerance protein  41.8 
 
 		 536 aa  317  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1265  outer membrane efflux protein  40.18 
 
 		 481 aa  313  3.9999999999999997e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000567174 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3352  outer membrane efflux protein  40.4 
 
 		 512 aa  310  5e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5189  outer membrane efflux protein  40.22 
 
 		 523 aa  309  8e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5028  hypothetical protein  42.79 
 
 		 487 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.924524 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2657  outer membrane efflux protein  39.39 
 
 		 466 aa  306  6e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0763881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1079  outer membrane efflux protein  37.61 
 
 		 465 aa  265  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0935  outer membrane efflux protein  37.61 
 
 		 465 aa  265  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.365344  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2911  copper tolerance protein  37.64 
 
 		 482 aa  240  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123072 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2199  putative copper resistance-related lipoprotein  35.36 
 
 		 476 aa  237  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3982  putative metal ion efflux outer membrane protein  35.03 
 
 		 470 aa  229  7e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3484  putative copper resistance-related lipoprotein  33.71 
 
 		 472 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2723  putative copper resistance-related lipoprotein  34.55 
 
 		 476 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4553  putative copper resistance-related lipoprotein  33.85 
 
 		 472 aa  223  9e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.910933 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2670  putative copper resistance-related lipoprotein  33.96 
 
 		 476 aa  220  5e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0933723  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5687  putative copper resistance-related lipoprotein  34.68 
 
 		 475 aa  209  7e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1209  copper tolerance protein  33.19 
 
 		 477 aa  199  7e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0296816  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2599  copper tolerance protein  33.11 
 
 		 477 aa  197  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0277245  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0736  putative copper resistance-related lipoprotein  31.65 
 
 		 475 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1262  putative outer membrane efflux protein involved in copper resistance  31.5 
 
 		 399 aa  167  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2225  outer membrane efflux protein  27.49 
 
 		 547 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.17933 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2283  outer membrane efflux protein  26.83 
 
 		 453 aa  106  8e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0495  outer membrane efflux protein  26.15 
 
 		 493 aa  99  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1205  Outer membrane protein-like protein  29.55 
 
 		 438 aa  80.9  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  25.18 
 
 		 432 aa  67  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  25.07 
 
 		 415 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.52 
 
 		 482 aa  58.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1582  outer membrane efflux protein  21.02 
 
 		 523 aa  58.2  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.06 
 
 		 472 aa  56.6  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  22.45 
 
 		 423 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  22.45 
 
 		 423 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  22.45 
 
 		 423 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  22.45 
 
 		 394 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2276  outer membrane efflux protein  23.84 
 
 		 432 aa  55.1  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0693511 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2110  outer membrane efflux protein  21.59 
 
 		 437 aa  54.3  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.313002  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.08 
 
 		 494 aa  51.6  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  21.83 
 
 		 437 aa  50.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  22.86 
 
 		 435 aa  50.4  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2353  chemiosmotic efflux system C protein C  22.91 
 
 		 437 aa  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  23.99 
 
 		 432 aa  49.7  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2075  chemiosmotic efflux system protein C-like protein  22.85 
 
 		 437 aa  49.3  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  24.35 
 
 		 428 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  22.82 
 
 		 439 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  22.82 
 
 		 439 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  24.53 
 
 		 428 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.76 
 
 		 478 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.48 
 
 		 476 aa  48.5  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2065  chemiosmotic efflux system protein C-like protein  22.51 
 
 		 441 aa  47.8  0.0004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.27 
 
 		 495 aa  47.8  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  22.87 
 
 		 451 aa  47.8  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.64 
 
 		 533 aa  46.6  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.68 
 
 		 451 aa  45.8  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  25.69 
 
 		 522 aa  45.8  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  22.36 
 
 		 440 aa  45.8  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0420  outer membrane efflux protein  27.32 
 
 		 552 aa  45.8  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0627  outer membrane efflux protein, putative  24.89 
 
 		 470 aa  44.7  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.173588  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  22.33 
 
 		 431 aa  44.7  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3369  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.69 
 
 		 489 aa  44.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.413443  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2564  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.48 
 
 		 495 aa  44.3  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.248386  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3398  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  24.5 
 
 		 434 aa  44.3  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.57 
 
 		 486 aa  44.3  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.29 
 
 		 537 aa  44.3  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.43 
 
 		 453 aa  44.3  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3870  Co/Zn/Cd efflux system component  26.16 
 
 		 448 aa  44.3  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5135  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.08 
 
 		 493 aa  43.9  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  23.42 
 
 		 487 aa  43.9  0.007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4508  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.44 
 
 		 505 aa  43.5  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0567962 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.01 
 
 		 446 aa  43.5  0.008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1541  Outer membrane efflux protein  22.18 
 
 		 486 aa  43.5  0.009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1277  outer membrane protein TolC, putative  24.52 
 
 		 479 aa  43.5  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271455  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>