More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2564 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2564  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
495 aa  966    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.248386  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5135  RND efflux system outer membrane lipoprotein  80.44 
 
 
493 aa  684    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  64.24 
 
 
470 aa  577  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0867  hypothetical protein  67.38 
 
 
489 aa  532  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0390174  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  66.38 
 
 
484 aa  527  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1300  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.12 
 
 
468 aa  523  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.634439  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.22 
 
 
500 aa  523  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0424146 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.6 
 
 
516 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.78 
 
 
486 aa  355  1e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.55 
 
 
517 aa  349  7e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.39 
 
 
504 aa  345  2e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0692116  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.48 
 
 
511 aa  344  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.25 
 
 
533 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.45 
 
 
513 aa  343  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.51 
 
 
537 aa  342  8e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.24 
 
 
513 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5350  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.24 
 
 
513 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00199019  normal  0.49097 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.78 
 
 
513 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  44.28 
 
 
510 aa  339  8e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  44.28 
 
 
510 aa  339  8e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  44.28 
 
 
510 aa  339  8e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05506  putative outer-membrane drug efflux protein  47.08 
 
 
508 aa  338  9e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.09 
 
 
510 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  44.09 
 
 
510 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.74 
 
 
521 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.07 
 
 
510 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.58 
 
 
510 aa  333  4e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5228  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.31 
 
 
513 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4223  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.49 
 
 
510 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00337155  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.49 
 
 
510 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379784  normal  0.0805194 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5123  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.57 
 
 
510 aa  321  1.9999999999999998e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.56 
 
 
499 aa  313  5.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00474819  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.63 
 
 
485 aa  302  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4865  RND cation/multidrug efflux system outer membrane protein, NodT  41.54 
 
 
493 aa  301  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000716421  normal  0.820676 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.66 
 
 
497 aa  300  5e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.85 
 
 
487 aa  296  7e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.04 
 
 
495 aa  295  9e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.58 
 
 
495 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.83 
 
 
514 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.167129  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1503  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.83 
 
 
514 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274386  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.42 
 
 
476 aa  293  4e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.31 
 
 
501 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.452647 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.45 
 
 
497 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37.82 
 
 
497 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7210  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.48 
 
 
486 aa  288  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.7 
 
 
509 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.82 
 
 
464 aa  281  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  36.38 
 
 
490 aa  281  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.75 
 
 
488 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.75 
 
 
488 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.6 
 
 
520 aa  281  2e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.38 
 
 
488 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.38 
 
 
489 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.35 
 
 
486 aa  276  7e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.62 
 
 
512 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.21 
 
 
496 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.84 
 
 
501 aa  272  9e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.84 
 
 
501 aa  272  9e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37 
 
 
496 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  37 
 
 
496 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.83 
 
 
523 aa  271  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  35.99 
 
 
498 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  35.76 
 
 
499 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0019  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.07 
 
 
539 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.308598  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.06 
 
 
477 aa  264  3e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  38 
 
 
508 aa  262  8.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.06 
 
 
500 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  38.16 
 
 
538 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  38.16 
 
 
538 aa  261  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374207  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.16 
 
 
538 aa  261  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.01 
 
 
523 aa  260  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.04 
 
 
520 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2773  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.94 
 
 
538 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.94 
 
 
538 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.831333  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.94 
 
 
538 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1878  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.94 
 
 
538 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.12 
 
 
516 aa  259  7e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.43 
 
 
509 aa  259  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.847898  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2041  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.69 
 
 
511 aa  259  8e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.01 
 
 
523 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.6 
 
 
509 aa  259  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.01 
 
 
523 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.26 
 
 
471 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.83 
 
 
523 aa  258  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_003296  RS02156  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  37.93 
 
 
483 aa  256  5e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0051  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.8 
 
 
527 aa  256  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.27692  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1748  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37.27 
 
 
488 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.630432  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.49 
 
 
490 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2594  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38 
 
 
477 aa  255  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000572805  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.01 
 
 
523 aa  254  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.72 
 
 
484 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.72 
 
 
484 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2205  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.66 
 
 
471 aa  253  8.000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.916558  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1968  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.61 
 
 
471 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000949064  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2829  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.07 
 
 
478 aa  253  8.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.769411  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.32 
 
 
511 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.08 
 
 
515 aa  251  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  0.820801 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.54 
 
 
500 aa  249  6e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.54 
 
 
532 aa  249  1e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.116947  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2070  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.98 
 
 
498 aa  249  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0633642  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>