More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4865 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  91.22 
 
 
499 aa  830    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00474819  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4865  RND cation/multidrug efflux system outer membrane protein, NodT  100 
 
 
493 aa  977    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000716421  normal  0.820676 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.75 
 
 
516 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.61 
 
 
521 aa  484  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  52.05 
 
 
533 aa  463  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.99 
 
 
537 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.93 
 
 
510 aa  442  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.93 
 
 
510 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.15 
 
 
510 aa  443  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.66 
 
 
513 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  52.93 
 
 
510 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  52.36 
 
 
486 aa  442  1e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  53.02 
 
 
513 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  52.93 
 
 
510 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  52.93 
 
 
510 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.89 
 
 
511 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5350  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.02 
 
 
513 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00199019  normal  0.49097 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  52.93 
 
 
510 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05506  putative outer-membrane drug efflux protein  55.58 
 
 
508 aa  436  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  53.42 
 
 
510 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379784  normal  0.0805194 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4223  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  53.42 
 
 
510 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00337155  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.02 
 
 
513 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.46 
 
 
517 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5228  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.3 
 
 
513 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  52.06 
 
 
504 aa  402  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0692116  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5123  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.73 
 
 
510 aa  364  2e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.94 
 
 
470 aa  330  4e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.87 
 
 
476 aa  328  1.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5135  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.08 
 
 
493 aa  322  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2564  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.98 
 
 
495 aa  307  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.248386  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.67 
 
 
482 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.05 
 
 
509 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.95 
 
 
500 aa  296  7e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.83 
 
 
486 aa  296  8e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.67 
 
 
477 aa  291  1e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.9 
 
 
485 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.69 
 
 
520 aa  290  3e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  37.22 
 
 
479 aa  290  6e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.53 
 
 
490 aa  289  7e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.42 
 
 
497 aa  289  7e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.95 
 
 
514 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.167129  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.17 
 
 
495 aa  289  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1503  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.95 
 
 
514 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274386  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.99 
 
 
501 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.452647 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.63 
 
 
512 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.34 
 
 
523 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0358  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.61 
 
 
509 aa  286  7e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37.79 
 
 
497 aa  286  8e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.47 
 
 
487 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  36.17 
 
 
498 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.35 
 
 
495 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  36.31 
 
 
499 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.64 
 
 
509 aa  282  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.847898  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.36 
 
 
501 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.36 
 
 
501 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1968  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.28 
 
 
471 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000949064  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.04 
 
 
523 aa  280  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0867  hypothetical protein  42.47 
 
 
489 aa  278  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0390174  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.16 
 
 
464 aa  277  3e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2205  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.17 
 
 
471 aa  277  4e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.916558  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.69 
 
 
484 aa  277  4e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.75 
 
 
536 aa  276  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  37.63 
 
 
508 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.89 
 
 
500 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0424146 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.44 
 
 
471 aa  274  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  36.02 
 
 
490 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.39 
 
 
489 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.84 
 
 
497 aa  273  7e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  36.5 
 
 
496 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1748  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37.74 
 
 
488 aa  273  8.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.630432  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.29 
 
 
496 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3362  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.33 
 
 
489 aa  270  5e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0212058  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.08 
 
 
496 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.71 
 
 
523 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1300  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.37 
 
 
468 aa  266  8.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.634439  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.5 
 
 
523 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.5 
 
 
523 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2070  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.82 
 
 
498 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0633642  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.57 
 
 
520 aa  263  4e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.44 
 
 
509 aa  263  4e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.65 
 
 
516 aa  263  4e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7210  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.03 
 
 
486 aa  263  4e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.99 
 
 
507 aa  259  6e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.10675  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.19 
 
 
469 aa  259  7e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.45 
 
 
488 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.45 
 
 
488 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.19 
 
 
523 aa  256  7e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0019  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.26 
 
 
539 aa  256  7e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.308598  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.37 
 
 
496 aa  256  8e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.594754  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.04 
 
 
488 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.02 
 
 
496 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.02 
 
 
496 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.48 
 
 
484 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1142  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.4 
 
 
492 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258577  normal  0.581397 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.39 
 
 
500 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.48 
 
 
484 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  38.18 
 
 
538 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  38.18 
 
 
538 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.18 
 
 
538 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.39 
 
 
532 aa  254  3e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.116947  normal  0.154507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>