More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1300 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1300  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
468 aa  909    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.634439  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  79.74 
 
 
470 aa  747    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0867  hypothetical protein  69.38 
 
 
489 aa  551  1e-155  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0390174  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2564  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  65.27 
 
 
495 aa  547  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.248386  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5135  RND efflux system outer membrane lipoprotein  64.11 
 
 
493 aa  529  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  63.47 
 
 
500 aa  508  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0424146 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  65.34 
 
 
484 aa  497  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.72 
 
 
516 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.32 
 
 
521 aa  350  4e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.46 
 
 
510 aa  346  4e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  46.24 
 
 
510 aa  344  2e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.24 
 
 
510 aa  344  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  46.24 
 
 
510 aa  344  2e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  46.24 
 
 
510 aa  344  2e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  46.24 
 
 
510 aa  344  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.02 
 
 
517 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.8 
 
 
513 aa  343  4e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.8 
 
 
513 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.59 
 
 
510 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379784  normal  0.0805194 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4223  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.59 
 
 
510 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00337155  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.13 
 
 
510 aa  339  7e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5350  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.22 
 
 
513 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00199019  normal  0.49097 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.22 
 
 
513 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.47 
 
 
511 aa  335  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.82 
 
 
533 aa  330  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05506  putative outer-membrane drug efflux protein  46.68 
 
 
508 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5228  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.84 
 
 
513 aa  327  3e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.01 
 
 
504 aa  324  2e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0692116  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.58 
 
 
486 aa  323  4e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.46 
 
 
537 aa  322  7e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5123  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.08 
 
 
510 aa  313  3.9999999999999997e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.81 
 
 
499 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00474819  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4865  RND cation/multidrug efflux system outer membrane protein, NodT  41.54 
 
 
493 aa  289  9e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000716421  normal  0.820676 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.46 
 
 
476 aa  286  5.999999999999999e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.58 
 
 
485 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.28 
 
 
495 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7210  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39 
 
 
486 aa  272  9e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.01 
 
 
495 aa  272  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.74 
 
 
487 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41 
 
 
464 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.82 
 
 
509 aa  269  8e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.43 
 
 
497 aa  266  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.27 
 
 
477 aa  265  2e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.55 
 
 
512 aa  263  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  36.42 
 
 
498 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.99 
 
 
523 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  35.62 
 
 
499 aa  257  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.99 
 
 
523 aa  257  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.99 
 
 
523 aa  257  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.43 
 
 
520 aa  256  5e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.92 
 
 
486 aa  256  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.52 
 
 
520 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.04 
 
 
523 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.26 
 
 
489 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  34.35 
 
 
490 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.6 
 
 
497 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.25 
 
 
495 aa  252  9.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  38.53 
 
 
508 aa  251  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.61 
 
 
514 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.167129  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1503  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.61 
 
 
514 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274386  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.42 
 
 
501 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.452647 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.2 
 
 
496 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.85 
 
 
488 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0051  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.96 
 
 
527 aa  251  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.27692  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0019  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.61 
 
 
539 aa  250  3e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.308598  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.85 
 
 
488 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  34.2 
 
 
496 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.39 
 
 
501 aa  250  4e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.39 
 
 
501 aa  250  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.99 
 
 
496 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.64 
 
 
488 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.89 
 
 
509 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.96 
 
 
523 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_003296  RS02156  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  37.96 
 
 
483 aa  246  8e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1748  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.78 
 
 
488 aa  245  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.630432  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.14 
 
 
523 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.12 
 
 
538 aa  244  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  36.12 
 
 
538 aa  244  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  36.12 
 
 
538 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.59 
 
 
500 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.04 
 
 
497 aa  243  5e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.9 
 
 
538 aa  242  9e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2773  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.9 
 
 
538 aa  242  9e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1878  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.9 
 
 
538 aa  242  9e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.9 
 
 
538 aa  242  9e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.831333  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2070  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.8 
 
 
498 aa  242  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0633642  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2829  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.95 
 
 
478 aa  240  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.769411  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
536 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1968  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
471 aa  236  6e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000949064  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.09 
 
 
478 aa  236  7e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.28 
 
 
471 aa  236  8e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.4 
 
 
490 aa  236  8e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2594  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.9 
 
 
477 aa  235  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000572805  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.57 
 
 
511 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.59 
 
 
500 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.02 
 
 
489 aa  234  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0358  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.36 
 
 
509 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2041  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.62 
 
 
511 aa  233  6e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.12 
 
 
496 aa  233  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.594754  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  30.79 
 
 
479 aa  232  1e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>