More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4333 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
510 aa  1003    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379784  normal  0.0805194 
 
 
-
 
NC_003296  RS05506  putative outer-membrane drug efflux protein  88.62 
 
 
508 aa  792    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4223  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
510 aa  1003    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00337155  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.2 
 
 
516 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.84 
 
 
521 aa  556  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  57.2 
 
 
533 aa  524  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  61.62 
 
 
510 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  61.62 
 
 
510 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  61.62 
 
 
510 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  61.62 
 
 
510 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  61.62 
 
 
510 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  61.62 
 
 
510 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  61.49 
 
 
510 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.37 
 
 
537 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.37 
 
 
513 aa  511  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.47 
 
 
511 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.34 
 
 
517 aa  503  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.13 
 
 
513 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5350  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.13 
 
 
513 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00199019  normal  0.49097 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  59.13 
 
 
513 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5228  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.17 
 
 
513 aa  490  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  54.2 
 
 
486 aa  486  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  59.15 
 
 
504 aa  484  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0692116  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  53.39 
 
 
499 aa  456  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00474819  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4865  RND cation/multidrug efflux system outer membrane protein, NodT  53.89 
 
 
493 aa  448  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000716421  normal  0.820676 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5123  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.44 
 
 
510 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.51 
 
 
470 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5135  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.82 
 
 
493 aa  338  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2564  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.52 
 
 
495 aa  334  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.248386  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.56 
 
 
485 aa  333  6e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.27 
 
 
495 aa  331  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0867  hypothetical protein  46.99 
 
 
489 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0390174  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1300  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.09 
 
 
468 aa  323  6e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.634439  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.54 
 
 
500 aa  322  7e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.34 
 
 
500 aa  322  9.000000000000001e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0424146 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  40.08 
 
 
497 aa  322  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.98 
 
 
486 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.94 
 
 
476 aa  321  1.9999999999999998e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.2 
 
 
501 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.2 
 
 
501 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  38.4 
 
 
479 aa  313  5.999999999999999e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0943  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.05 
 
 
484 aa  313  5.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.51 
 
 
520 aa  310  2.9999999999999997e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.91 
 
 
495 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.93 
 
 
487 aa  302  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.73 
 
 
523 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.23 
 
 
488 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.23 
 
 
488 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  37.58 
 
 
508 aa  298  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  36.74 
 
 
498 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.85 
 
 
509 aa  295  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.847898  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  36.46 
 
 
499 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.43 
 
 
488 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.08 
 
 
497 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.17 
 
 
489 aa  293  7e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.22 
 
 
464 aa  292  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.6 
 
 
490 aa  291  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2070  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.42 
 
 
498 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0633642  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.22 
 
 
523 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7210  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.38 
 
 
486 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.79 
 
 
471 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1968  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.79 
 
 
471 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000949064  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0176  outer membrane efflux protein  36.65 
 
 
536 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  36.81 
 
 
496 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  35.92 
 
 
490 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.01 
 
 
523 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.01 
 
 
523 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.36 
 
 
477 aa  282  1e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.91 
 
 
497 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.09 
 
 
512 aa  281  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.61 
 
 
496 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0124  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.46 
 
 
525 aa  281  3e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.78298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.4 
 
 
496 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0358  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.05 
 
 
509 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.85 
 
 
484 aa  281  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.85 
 
 
484 aa  281  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.02 
 
 
523 aa  280  5e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.28 
 
 
523 aa  280  6e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.46 
 
 
514 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.167129  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.98 
 
 
501 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.452647 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.1 
 
 
509 aa  278  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.59 
 
 
482 aa  278  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1503  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.46 
 
 
514 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274386  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.07 
 
 
516 aa  277  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.19 
 
 
509 aa  276  4e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.13 
 
 
536 aa  276  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37.7 
 
 
486 aa  276  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.77 
 
 
520 aa  276  8e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2205  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.42 
 
 
471 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.916558  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5874  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.5 
 
 
498 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109065  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1275  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.25 
 
 
590 aa  273  6e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.44 
 
 
477 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02156  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  39.6 
 
 
483 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0019  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.49 
 
 
539 aa  265  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.308598  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.51 
 
 
496 aa  265  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.594754  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1142  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.86 
 
 
492 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258577  normal  0.581397 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2718  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.04 
 
 
531 aa  263  4e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36 
 
 
486 aa  263  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.19 
 
 
496 aa  262  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.19 
 
 
496 aa  262  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>