More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1939 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2276  outer membrane efflux protein  88.89 
 
 
432 aa  748    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0693511 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  100 
 
 
432 aa  844    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2137  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  54.63 
 
 
437 aa  428  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  52.63 
 
 
432 aa  421  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  52.16 
 
 
431 aa  389  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0828  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  47.71 
 
 
428 aa  330  2e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3507  Outer membrane efflux protein  46.85 
 
 
435 aa  312  5.999999999999999e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3398  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  44.62 
 
 
434 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  31.33 
 
 
428 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  30.5 
 
 
428 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2065  chemiosmotic efflux system protein C-like protein  29.66 
 
 
441 aa  143  5e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2075  chemiosmotic efflux system protein C-like protein  28.99 
 
 
437 aa  138  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2353  chemiosmotic efflux system C protein C  28.3 
 
 
437 aa  134  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2106  Outer membrane efflux protein  28.6 
 
 
471 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.343125  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1641  Outer membrane efflux protein  27.9 
 
 
479 aa  124  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  28.01 
 
 
423 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  28.01 
 
 
423 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  28.01 
 
 
423 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1549  Outer membrane efflux protein  26.97 
 
 
426 aa  122  9e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.069846  normal  0.874867 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  28.28 
 
 
394 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2166  outer membrane efflux protein  26.07 
 
 
423 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1330  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  28.97 
 
 
493 aa  117  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1175  outer membrane efflux protein  28.37 
 
 
416 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2056  outer membrane efflux protein  25.38 
 
 
423 aa  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000544389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  26.16 
 
 
415 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  25.74 
 
 
426 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  25.87 
 
 
472 aa  106  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2568  outer membrane efflux protein  27.9 
 
 
438 aa  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.316597 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  26.94 
 
 
431 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0705  RND heavy metal ion efflux pump, outer membrane protein  28.72 
 
 
458 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199067  normal  0.26582 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  25.56 
 
 
421 aa  104  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  26.01 
 
 
418 aa  102  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000196082  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  28.46 
 
 
442 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  25.8 
 
 
418 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  27.27 
 
 
437 aa  100  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0087  outer membrane efflux protein  23.63 
 
 
424 aa  99.8  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  27.27 
 
 
439 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  27.27 
 
 
439 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0377  metal ion efflux outer membrane protein, putative  28.36 
 
 
408 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2628  Outer membrane efflux protein  26.96 
 
 
432 aa  98.2  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.753633 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  26.61 
 
 
440 aa  97.8  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1373  heavy metal resistance protein CzcC  27.47 
 
 
443 aa  97.1  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3287  outer membrane efflux protein  28.5 
 
 
464 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2408  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  28.5 
 
 
425 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00195815  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4801  Outer membrane efflux protein  27.93 
 
 
408 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249818 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2254  Outer membrane efflux protein  27.66 
 
 
436 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  26.74 
 
 
435 aa  95.5  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2042  outer membrane efflux protein  28.28 
 
 
417 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367282  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  26.77 
 
 
451 aa  94.7  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3648  outer membrane efflux protein  24.44 
 
 
446 aa  94.4  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4313  outer membrane efflux protein  25.87 
 
 
528 aa  92.8  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1329  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  28.03 
 
 
425 aa  92.8  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0447  outer membrane efflux protein  25.25 
 
 
438 aa  91.7  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.109934 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1031  heavy metal resistance protein CzcC  27.25 
 
 
443 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1527  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC  27.25 
 
 
452 aa  90.9  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1183  heavy metal resistance protein CzcC  27.25 
 
 
461 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.84848  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0399  heavy metal resistance protein CzcC  27.25 
 
 
461 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132876  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0013  heavy metal resistance protein CzcC  27.25 
 
 
461 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.238799  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1442  cobalt-zinc-cadmium resistance efflux protein  27.25 
 
 
461 aa  90.9  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0705718  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0829  outer membrane protein; cation efflux protein  25.42 
 
 
428 aa  90.5  5e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2843  outer membrane efflux protein  25.98 
 
 
489 aa  90.5  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2110  outer membrane efflux protein  25.98 
 
 
437 aa  90.1  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.313002  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3981  outer membrane efflux protein  28.61 
 
 
423 aa  90.1  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.377505 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0033  heavy metal resistance protein CzcC  26.97 
 
 
443 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299983  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1614  outer membrane efflux protein  22.14 
 
 
409 aa  89  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0227  outer membrane efflux protein  25.19 
 
 
414 aa  87.8  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1970  outer membrane efflux protein  25.25 
 
 
414 aa  86.7  7e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1958  aconitate hydratase 1  27.38 
 
 
422 aa  85.5  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0713794  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2929  outer membrane efflux protein  24.59 
 
 
443 aa  84.7  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0502  outer membrane efflux protein  27.71 
 
 
433 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  25.5 
 
 
443 aa  84  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0617  outer membrane efflux protein  26.62 
 
 
438 aa  83.6  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3077  outer membrane efflux protein  23.96 
 
 
426 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.767775  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1582  outer membrane efflux protein  25.89 
 
 
523 aa  82.4  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2298  outer membrane efflux protein  25.59 
 
 
423 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1343  outer membrane efflux protein  24.42 
 
 
429 aa  80.1  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2344  outer membrane efflux protein  26.52 
 
 
423 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2209  outer membrane efflux protein  27.23 
 
 
433 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.798472  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6550  outer membrane efflux protein  23.41 
 
 
433 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.125608  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2339  outer membrane efflux protein  27.8 
 
 
437 aa  78.2  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.884796  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2142  outer membrane efflux protein  25.44 
 
 
423 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143725 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2435  outer membrane efflux protein  22.97 
 
 
438 aa  77.4  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3343  outer membrane efflux protein  24.82 
 
 
423 aa  76.3  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.141208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7266  putative outer membrane cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcC precursor  27.38 
 
 
424 aa  73.9  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217099  normal  0.831215 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2657  outer membrane efflux protein  27.66 
 
 
466 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0763881  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7183  putative outer membrane protein precursor CzcC  26.83 
 
 
422 aa  73.2  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2551  outer membrane efflux protein  25.85 
 
 
422 aa  72.8  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000963739  normal  0.205494 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3870  Co/Zn/Cd efflux system component  24.46 
 
 
448 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0790  outer membrane efflux protein  22.64 
 
 
423 aa  72  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1848  outer membrane efflux protein  23.9 
 
 
423 aa  72  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2096  outer membrane efflux protein  26.42 
 
 
419 aa  71.6  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2321  outer membrane efflux protein  25.14 
 
 
428 aa  70.5  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.760032  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0665  outer membrane efflux protein  24.51 
 
 
453 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000306808  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3728  outer membrane efflux protein  25.82 
 
 
433 aa  69.3  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0602217  normal  0.0956817 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2262  outer membrane heavy metal efflux protein  26.09 
 
 
426 aa  68.2  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1293  outer membrane efflux protein  24.56 
 
 
442 aa  68.2  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.803504 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4056  outer membrane efflux protein  24.3 
 
 
416 aa  68.2  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2504  outer membrane efflux protein  27.07 
 
 
436 aa  67.4  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10477  normal  0.0160345 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4384  outer membrane efflux protein  25.18 
 
 
485 aa  67  0.0000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31040  putative cation efflux system protein  25.59 
 
 
415 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000919684  unclonable  5.14474e-22 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>