56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5028 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011986  Avi_9851  copper tolerance protein  80.58 
 
 		 486 aa  754    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5028  hypothetical protein  100 
 
 		 487 aa  974    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.924524 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5861  conserved hypothetical conserved membrane protein  74.22 
 
 		 488 aa  702    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4384  outer membrane efflux protein  42.36 
 
 		 485 aa  346  5e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4633  outer membrane efflux protein  42.15 
 
 		 485 aa  343  5.999999999999999e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.706868  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1090  outer membrane efflux protein  43.08 
 
 		 483 aa  332  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4267  copper tolerance protein  42.34 
 
 		 488 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.446194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6518  putative Outer membrane efflux protein  44.77 
 
 		 475 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.753245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4904  outer membrane efflux protein  42.38 
 
 		 488 aa  322  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.878997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7875  outer membrane efflux protein  42.83 
 
 		 483 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.639992  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0118  putative copper resistance protein  42.08 
 
 		 543 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4601  outer membrane efflux protein  46.08 
 
 		 475 aa  305  9.000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.332073  normal  0.615443 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2041  outer membrane efflux protein  41.21 
 
 		 501 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6292  outer membrane efflux protein  40.38 
 
 		 498 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260908 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2578  outer membrane efflux protein  39.83 
 
 		 535 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0560227  normal  0.684538 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1030  outer membrane efflux protein  39.87 
 
 		 535 aa  300  3e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4826  outer membrane efflux protein  45.22 
 
 		 475 aa  300  5e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.836634  normal  0.338795 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6071  outer membrane efflux protein  39.45 
 
 		 486 aa  296  7e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.362565  normal  0.0749065 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2295  putative outer membrane efflux protein involved in copper resistance  38.66 
 
 		 476 aa  293  6e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.332291  normal  0.176348 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0496  putative copper resistance-related lipoprotein  40 
 
 		 477 aa  288  2e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.620872 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0713  outer membrane efflux protein  40.04 
 
 		 554 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2765  outer membrane efflux protein  41.16 
 
 		 498 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2008  copper tolerance protein  40.04 
 
 		 554 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0314  outer membrane efflux protein  39.06 
 
 		 486 aa  283  7.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.116177  normal  0.192391 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0621  outer membrane efflux protein  39.6 
 
 		 554 aa  282  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4025  outer membrane efflux protein  38.01 
 
 		 470 aa  282  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000146806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3911  outer membrane efflux protein  38.01 
 
 		 470 aa  282  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0120008  normal  0.391344 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3413  outer membrane efflux protein  41.05 
 
 		 500 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4754  outer membrane efflux protein  41.05 
 
 		 500 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.203593  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1633  putative copper resistance-related lipoprotein  40.09 
 
 		 479 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.158935 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1960  copper tolerance protein  39.37 
 
 		 536 aa  270  5e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1265  outer membrane efflux protein  39.34 
 
 		 481 aa  270  5.9999999999999995e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000567174 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4103  outer membrane efflux protein  40.81 
 
 		 500 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733493  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3352  outer membrane efflux protein  41.74 
 
 		 512 aa  266  7e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2657  outer membrane efflux protein  39.23 
 
 		 466 aa  263  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0763881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5189  outer membrane efflux protein  41.09 
 
 		 523 aa  259  6e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0935  outer membrane efflux protein  35.1 
 
 		 465 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.365344  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1079  outer membrane efflux protein  35.1 
 
 		 465 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3484  putative copper resistance-related lipoprotein  34.62 
 
 		 472 aa  199  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2911  copper tolerance protein  33.12 
 
 		 482 aa  197  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123072 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3982  putative metal ion efflux outer membrane protein  32.08 
 
 		 470 aa  195  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2723  putative copper resistance-related lipoprotein  34.46 
 
 		 476 aa  193  5e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4553  putative copper resistance-related lipoprotein  32.9 
 
 		 472 aa  189  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.910933 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2199  putative copper resistance-related lipoprotein  31.84 
 
 		 476 aa  187  5e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2670  putative copper resistance-related lipoprotein  33.25 
 
 		 476 aa  182  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0933723  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2599  copper tolerance protein  37.97 
 
 		 477 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0277245  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1209  copper tolerance protein  37.91 
 
 		 477 aa  180  4e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0296816  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5687  putative copper resistance-related lipoprotein  32.24 
 
 		 475 aa  175  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0736  putative copper resistance-related lipoprotein  32.92 
 
 		 475 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2225  outer membrane efflux protein  28.23 
 
 		 547 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.17933 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1205  Outer membrane protein-like protein  33.95 
 
 		 438 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1262  putative outer membrane efflux protein involved in copper resistance  53.66 
 
 		 399 aa  97.1  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0495  outer membrane efflux protein  27.61 
 
 		 493 aa  95.9  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2283  outer membrane efflux protein  29.98 
 
 		 453 aa  84.3  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1561  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  23.08 
 
 		 480 aa  44.3  0.005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  26.04 
 
 		 432 aa  43.5  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>