More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4508 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4508  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
505 aa  1013    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0567962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.44 
 
 
480 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6515  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.91 
 
 
477 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0241936 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.87 
 
 
477 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4373  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.19 
 
 
483 aa  262  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  34.83 
 
 
483 aa  242  9e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  32.61 
 
 
503 aa  196  7e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.16 
 
 
504 aa  179  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.29 
 
 
509 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  31.33 
 
 
479 aa  172  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.56 
 
 
471 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  28.9 
 
 
547 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.56 
 
 
471 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.56 
 
 
471 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.45 
 
 
482 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.52 
 
 
488 aa  171  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  27.88 
 
 
479 aa  171  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  28.73 
 
 
479 aa  171  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.43 
 
 
500 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.24 
 
 
482 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.01 
 
 
465 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.6 
 
 
482 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.51 
 
 
473 aa  163  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2283  outer membrane efflux protein  27.74 
 
 
501 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0628456 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
486 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.25 
 
 
493 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.81 
 
 
497 aa  161  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2943  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.12 
 
 
482 aa  161  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.587642  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.05 
 
 
483 aa  160  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.79 
 
 
460 aa  159  8e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.96 
 
 
493 aa  159  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  28.61 
 
 
465 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.15 
 
 
495 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.596211 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  27.89 
 
 
512 aa  158  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.2 
 
 
525 aa  158  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.98 
 
 
505 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.92 
 
 
462 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  28.81 
 
 
479 aa  157  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.05 
 
 
464 aa  157  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.97 
 
 
504 aa  157  6e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.51 
 
 
501 aa  157  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.51 
 
 
514 aa  156  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.98 
 
 
518 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.74 
 
 
482 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.95 
 
 
507 aa  155  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.17 
 
 
502 aa  154  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.51 
 
 
471 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.59 
 
 
483 aa  154  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.82 
 
 
531 aa  154  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6346  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.41 
 
 
491 aa  154  5e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5135  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.77 
 
 
493 aa  153  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.42 
 
 
472 aa  153  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  26.16 
 
 
518 aa  153  8.999999999999999e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.98 
 
 
459 aa  152  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.11 
 
 
507 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.91 
 
 
482 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.33 
 
 
494 aa  151  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.16 
 
 
495 aa  152  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.74 
 
 
461 aa  152  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.2 
 
 
513 aa  152  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.45 
 
 
493 aa  152  2e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.23 
 
 
512 aa  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.61 
 
 
520 aa  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  30.93 
 
 
565 aa  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.12 
 
 
489 aa  151  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.91 
 
 
477 aa  151  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3449  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.99 
 
 
458 aa  150  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.135677  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  26.71 
 
 
495 aa  150  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.74 
 
 
495 aa  150  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.29 
 
 
494 aa  150  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.26 
 
 
461 aa  150  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  31.32 
 
 
569 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.94 
 
 
491 aa  149  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  31.32 
 
 
569 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.41 
 
 
470 aa  149  9e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.12 
 
 
510 aa  149  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.71 
 
 
457 aa  149  9e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.14 
 
 
481 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.61 
 
 
484 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0908  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.22 
 
 
455 aa  148  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.61 
 
 
496 aa  148  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  28.82 
 
 
472 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.16 
 
 
489 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.15 
 
 
532 aa  147  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.48 
 
 
503 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.28 
 
 
503 aa  147  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.28 
 
 
503 aa  147  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.31 
 
 
475 aa  146  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.06 
 
 
464 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  28.6 
 
 
472 aa  146  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.22 
 
 
483 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.72 
 
 
507 aa  146  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1941  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.43 
 
 
497 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211357  normal  0.0401761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6990  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.44 
 
 
479 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0598431  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.41 
 
 
560 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  26.97 
 
 
569 aa  145  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.29 
 
 
484 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  29.33 
 
 
463 aa  145  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  26.7 
 
 
470 aa  145  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 
507 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>