More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0438 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_0438  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 119 aa  247  4e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  68.42 
 
 		 231 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  68.42 
 
 		 231 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  68.42 
 
 		 231 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  68.42 
 
 		 231 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  68.42 
 
 		 231 aa  166  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  67.54 
 
 		 231 aa  160  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  65.79 
 
 		 232 aa  159  9e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  66.67 
 
 		 231 aa  157  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  64.04 
 
 		 235 aa  156  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  64.04 
 
 		 235 aa  156  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  65.79 
 
 		 232 aa  155  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  64.04 
 
 		 235 aa  155  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  65.79 
 
 		 231 aa  155  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  65.79 
 
 		 231 aa  155  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  65.79 
 
 		 231 aa  155  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  65.79 
 
 		 231 aa  155  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  65.79 
 
 		 231 aa  155  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  64.04 
 
 		 231 aa  155  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  65.79 
 
 		 231 aa  155  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  65.79 
 
 		 231 aa  155  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  65.79 
 
 		 231 aa  155  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  62.07 
 
 		 237 aa  154  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  64.91 
 
 		 231 aa  152  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  64.04 
 
 		 235 aa  151  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  62.28 
 
 		 230 aa  149  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  63.16 
 
 		 229 aa  145  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  62.07 
 
 		 233 aa  144  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  61.21 
 
 		 233 aa  142  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  58.97 
 
 		 232 aa  142  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  62.28 
 
 		 235 aa  140  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  60.53 
 
 		 230 aa  140  6e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  61.4 
 
 		 235 aa  140  8e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  61.4 
 
 		 235 aa  139  9e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  58.77 
 
 		 229 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  57.89 
 
 		 229 aa  138  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  60.53 
 
 		 246 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  60.53 
 
 		 256 aa  136  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  60.53 
 
 		 246 aa  136  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  60.53 
 
 		 250 aa  136  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  55.26 
 
 		 231 aa  135  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  55.26 
 
 		 230 aa  134  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  57.89 
 
 		 230 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  55.17 
 
 		 234 aa  132  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.39 
 
 		 242 aa  130  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  54.39 
 
 		 230 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  53.91 
 
 		 234 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.14 
 
 		 232 aa  127  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  53.51 
 
 		 256 aa  127  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  52.89 
 
 		 233 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.04 
 
 		 239 aa  125  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  53.04 
 
 		 234 aa  125  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  52.07 
 
 		 233 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  52.07 
 
 		 233 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  49.59 
 
 		 233 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  54.95 
 
 		 233 aa  122  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  51.35 
 
 		 229 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  52.17 
 
 		 245 aa  117  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  53.04 
 
 		 239 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.44 
 
 		 229 aa  116  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50.79 
 
 		 243 aa  115  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1421  pseudouridine synthase  51.52 
 
 		 229 aa  115  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.722777 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 234 aa  113  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  49.58 
 
 		 239 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  48.7 
 
 		 238 aa  113  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  44.74 
 
 		 236 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  45.61 
 
 		 230 aa  110  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  46.49 
 
 		 247 aa  110  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 247 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  48.25 
 
 		 232 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  46.49 
 
 		 241 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  48.25 
 
 		 230 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.74 
 
 		 240 aa  109  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2010  pseudouridine synthase, Rsu  48.72 
 
 		 228 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  50 
 
 		 237 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  50 
 
 		 233 aa  108  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  47.37 
 
 		 249 aa  109  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0911  pseudouridine synthase, Rsu  45.61 
 
 		 237 aa  108  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000299595  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  46.49 
 
 		 256 aa  108  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  46.49 
 
 		 256 aa  108  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  46.49 
 
 		 235 aa  108  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  46.49 
 
 		 256 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.74 
 
 		 230 aa  107  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.74 
 
 		 239 aa  106  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  44.74 
 
 		 241 aa  106  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  44.74 
 
 		 241 aa  106  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2175  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.9 
 
 		 251 aa  105  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1833  pseudouridine synthase  46.9 
 
 		 237 aa  105  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.498087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  40.35 
 
 		 234 aa  105  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  46.43 
 
 		 248 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  43.86 
 
 		 244 aa  104  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.74 
 
 		 261 aa  104  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.54 
 
 		 233 aa  104  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  46.43 
 
 		 248 aa  103  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  43.86 
 
 		 236 aa  103  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.74 
 
 		 240 aa  103  8e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  47.37 
 
 		 230 aa  103  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.83 
 
 		 240 aa  102  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  44.83 
 
 		 240 aa  102  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  47.86 
 
 		 249 aa  102  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>