More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1833 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1833  pseudouridine synthase  100 
 
 		 237 aa  478  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.498087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2175  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 251 aa  478  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  48.92 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  48.7 
 
 		 244 aa  206  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  51.13 
 
 		 237 aa  206  4e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  50.69 
 
 		 236 aa  204  1e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  50.69 
 
 		 236 aa  203  2e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  44.2 
 
 		 241 aa  201  8e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0728  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.65 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.101731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  49.15 
 
 		 242 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2010  pseudouridine synthase, Rsu  41.92 
 
 		 228 aa  194  8.000000000000001e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  47.68 
 
 		 242 aa  194  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  48.1 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  45.25 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  47.37 
 
 		 246 aa  184  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  45.02 
 
 		 247 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_89465  predicted protein  42.92 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0451  pseudouridine synthase  49.1 
 
 		 233 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.29 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  37.44 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  40.26 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.26 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.26 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.26 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.26 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  40.26 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.69 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.26 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.26 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.26 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.26 
 
 		 231 aa  151  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  38.7 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  41.92 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 242 aa  149  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.26 
 
 		 232 aa  148  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.61 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.39 
 
 		 235 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.39 
 
 		 235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.39 
 
 		 235 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.96 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.53 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.53 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.53 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.53 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  35.15 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  35.15 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.09 
 
 		 251 aa  143  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  35.15 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  35.15 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  35.15 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  35.15 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  35.15 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 242 aa  141  7e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  34.73 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 238 aa  140  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  39.21 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.39 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.51 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.17 
 
 		 243 aa  139  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  34.31 
 
 		 242 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  39.48 
 
 		 245 aa  137  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 236 aa  137  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  40.19 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  35.65 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  38.43 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  35.22 
 
 		 230 aa  136  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.77 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 240 aa  136  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.56 
 
 		 235 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.97 
 
 		 235 aa  135  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.26 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  34.63 
 
 		 233 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  36.75 
 
 		 245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  34.96 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 236 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  39.04 
 
 		 233 aa  134  8e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  37.07 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.24 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  36.44 
 
 		 248 aa  132  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  35.68 
 
 		 247 aa  132  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 249 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 233 aa  132  5e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  39.19 
 
 		 252 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  37.05 
 
 		 248 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 247 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  33.78 
 
 		 240 aa  131  9e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.77 
 
 		 242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.77 
 
 		 242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  34.63 
 
 		 256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 250 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  36.09 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  33.77 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  36.09 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  36.52 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>