More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0451 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0451  pseudouridine synthase  100 
 
 		 233 aa  465  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  75 
 
 		 237 aa  358  6e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  69.83 
 
 		 236 aa  324  7e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  69.83 
 
 		 236 aa  323  1e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  58.58 
 
 		 244 aa  254  8e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  57.81 
 
 		 247 aa  247  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  56.72 
 
 		 242 aa  245  4e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  56.72 
 
 		 242 aa  244  6.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  57.14 
 
 		 242 aa  244  8e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  56.72 
 
 		 246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  53.39 
 
 		 245 aa  235  6e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  55.3 
 
 		 255 aa  228  5e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2010  pseudouridine synthase, Rsu  45.62 
 
 		 228 aa  205  4e-52  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  46.96 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  46.22 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1833  pseudouridine synthase  49.1 
 
 		 237 aa  194  9e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.498087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2175  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  49.1 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0728  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.16 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.101731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 233 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 251 aa  154  9e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  45.99 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  43.64 
 
 		 232 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.77 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 248 aa  149  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_89465  predicted protein  42.19 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 248 aa  148  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.5 
 
 		 235 aa  148  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.5 
 
 		 235 aa  148  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.5 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  42.31 
 
 		 236 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  41.03 
 
 		 252 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  38.62 
 
 		 247 aa  144  9e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.77 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 252 aa  143  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.08 
 
 		 237 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.65 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.08 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 242 aa  141  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.66 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.06 
 
 		 232 aa  140  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  40.09 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.09 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  38.4 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  38.4 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  38.4 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  38.4 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  38.4 
 
 		 240 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.77 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.77 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.77 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  41.28 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  35.71 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  35.71 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.77 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  41.95 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.95 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.95 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  41.95 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 236 aa  139  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.95 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.95 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  38.84 
 
 		 249 aa  139  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.95 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.35 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.95 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  38.89 
 
 		 231 aa  139  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.93 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  38.24 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 240 aa  135  5e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  38.06 
 
 		 245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 231 aa  135  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 231 aa  135  7.000000000000001e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.79 
 
 		 232 aa  135  8e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.33 
 
 		 240 aa  134  9e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 240 aa  134  9e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  34.44 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  36.78 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.82 
 
 		 233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  36.6 
 
 		 241 aa  133  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.75 
 
 		 235 aa  133  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 234 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 245 aa  132  5e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  36.75 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  36.36 
 
 		 242 aa  131  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  36.55 
 
 		 242 aa  131  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 240 aa  130  1.0000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  35.95 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>