More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0728 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_0728  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 237 aa  471  1e-132  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.101731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  56.7 
 
 		 241 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  57.47 
 
 		 230 aa  245  3e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  56.49 
 
 		 245 aa  240  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  56.58 
 
 		 244 aa  231  9e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2175  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.65 
 
 		 251 aa  229  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1833  pseudouridine synthase  52.65 
 
 		 237 aa  229  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.498087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_89465  predicted protein  53.22 
 
 		 287 aa  225  4e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1080  pseudouridine synthase  54.43 
 
 		 247 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.699986  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3452  pseudouridine synthase  53.16 
 
 		 246 aa  218  5e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33811  normal  0.805038 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2235  pseudouridine synthase  54.2 
 
 		 242 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.7178  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2277  pseudouridine synthase  52.74 
 
 		 242 aa  215  4e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0349808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2552  pseudouridine synthase  52.32 
 
 		 242 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.975734  normal  0.0981088 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03083  ribosomal small subunit pseudouridylate synthase  52.34 
 
 		 237 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0541  ribosomal small subunit pseudouridine synthase  51.28 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504782  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0478  pseudouridine synthase  49.79 
 
 		 236 aa  208  5e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2010  pseudouridine synthase, Rsu  44.25 
 
 		 228 aa  208  5e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2237  pseudouridine synthase  50.66 
 
 		 255 aa  207  9e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.588412 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0451  pseudouridine synthase  53.81 
 
 		 233 aa  192  6e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0183  pseudouridine synthase  45.11 
 
 		 257 aa  158  8e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000206046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.74 
 
 		 233 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  43.7 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.52 
 
 		 235 aa  152  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.52 
 
 		 235 aa  152  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.52 
 
 		 235 aa  152  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 238 aa  151  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  36.25 
 
 		 239 aa  150  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  36.25 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  39.74 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  39.74 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  40.17 
 
 		 231 aa  149  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.48 
 
 		 232 aa  148  6e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  41.13 
 
 		 252 aa  148  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 248 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.32 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  40.52 
 
 		 237 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.52 
 
 		 237 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.66 
 
 		 235 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  39.83 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  39.83 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  39.83 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  39.83 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  39.83 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  41.56 
 
 		 230 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  38.72 
 
 		 241 aa  146  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  41.85 
 
 		 236 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.14 
 
 		 233 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0808  pseudouridine synthase  44.83 
 
 		 238 aa  145  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.46 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 249 aa  145  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.66 
 
 		 232 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.46 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.36 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.93 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.36 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.36 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.36 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.79 
 
 		 237 aa  142  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  39.46 
 
 		 248 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 240 aa  142  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 242 aa  142  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  36.21 
 
 		 240 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  35.5 
 
 		 230 aa  141  7e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 245 aa  141  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  35.74 
 
 		 245 aa  141  8e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.66 
 
 		 251 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  41.52 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.83 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  37.83 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  37.83 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.48 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  37.83 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  40.68 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 236 aa  139  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.19 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.83 
 
 		 242 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 230 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  38.2 
 
 		 230 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.23 
 
 		 235 aa  138  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.56 
 
 		 240 aa  138  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  37.39 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  31.49 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3219  pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 249 aa  137  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  37.39 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  37.39 
 
 		 242 aa  137  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>