More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0609 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0609  alpha amylase, catalytic domain protein  100 
 
 		 551 aa  1150    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0610  pullulanase, type I  64.26 
 
 		 1888 aa  644    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1926  Alpha-amylase  45.23 
 
 		 688 aa  426  1e-118  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06910  glycosidase  45.32 
 
 		 470 aa  410  1e-113  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0553945  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1927  alpha amylase catalytic region  43.03 
 
 		 914 aa  377  1e-103  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1130  alpha amylase catalytic region  42.04 
 
 		 566 aa  345  2e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2001  Alpha-amylase  39.13 
 
 		 589 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.357099  normal  0.053891 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3337  Glycosidase-like protein  40.84 
 
 		 679 aa  311  2e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.543706  normal  0.14646 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4685  alpha amylase catalytic region  38.39 
 
 		 738 aa  307  3e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05290  glycosidase  38.98 
 
 		 479 aa  306  8.000000000000001e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0985  alpha amylase domain-containing protein  40.3 
 
 		 605 aa  303  6.000000000000001e-81  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0694969  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4065  Alpha-amylase  37.73 
 
 		 596 aa  301  3e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.540437  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2478  alpha amylase catalytic region  38.14 
 
 		 612 aa  289  9e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194919  normal  0.119382 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5195  Alpha-amylase  37.39 
 
 		 707 aa  282  1e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2859  Alpha-amylase  37.61 
 
 		 661 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2896  Alpha-amylase  34.59 
 
 		 722 aa  273  9e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.578872 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0930  alpha amylase catalytic region  37.85 
 
 		 614 aa  271  2.9999999999999997e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4292  Alpha-amylase A precursor (1,4-alpha-D-glucan glucanohydrolase)  33.86 
 
 		 528 aa  262  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1247  alpha amylase catalytic region  35.7 
 
 		 494 aa  258  1e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.350307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2686  alpha amylase, catalytic region  34.33 
 
 		 722 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.288393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2938  ATPase  34.42 
 
 		 563 aa  247  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2712  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  34.65 
 
 		 2156 aa  242  2e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1319  hypothetical protein  61.54 
 
 		 218 aa  131  3e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0191338  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3374  alpha amylase catalytic region  28.01 
 
 		 453 aa  120  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2728  alpha amylase catalytic region  28.01 
 
 		 453 aa  120  9e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4716  alpha amylase catalytic region  28.23 
 
 		 458 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.79094 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2654  alpha amylase catalytic region  30.34 
 
 		 461 aa  103  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.181273  normal  0.26185 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1289  alkaline-resistant alpha-amylase precursor  24.44 
 
 		 458 aa  93.6  9e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00644344  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05253  alpha-amylase  24.95 
 
 		 449 aa  88.6  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001376  glycosidase  25.23 
 
 		 449 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000319288  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3370  alpha-amylase  25.5 
 
 		 470 aa  82.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.1996  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0979  alpha-amylase  25.5 
 
 		 466 aa  80.9  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3095  alpha amylase catalytic region  23.97 
 
 		 441 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2110  alpha amylase catalytic region  25.42 
 
 		 439 aa  65.5  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5237  alpha amylase catalytic region  27.05 
 
 		 554 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0387802 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3483  trehalose synthase-like  25.96 
 
 		 1100 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1883  trehalose synthase  26.28 
 
 		 1100 aa  59.3  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.12501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3842  alpha amylase catalytic region  24.52 
 
 		 586 aa  57.4  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000752132  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09700  alpha amylase  22.78 
 
 		 426 aa  56.6  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3153  glycogen branching enzyme  25.13 
 
 		 732 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.252202  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  25.55 
 
 		 526 aa  55.8  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6322  putative trehalose synthase  25.32 
 
 		 1101 aa  55.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319777  normal  0.483748 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1712  alpha amylase, catalytic region  21.63 
 
 		 481 aa  56.2  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1465  trehalose synthase-like  23.55 
 
 		 1088 aa  55.8  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2030  alpha amylase, catalytic region  26.95 
 
 		 638 aa  55.8  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194844  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1675  alpha amylase catalytic region  25.55 
 
 		 499 aa  56.2  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4164  trehalose synthase  25.64 
 
 		 1100 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4246  alpha amylase catalytic region  27.95 
 
 		 593 aa  56.2  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.286976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4038  alpha amylase catalytic region  22.71 
 
 		 544 aa  55.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0583407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3679  trehalose synthase-like  26.54 
 
 		 1099 aa  55.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1139  cytoplasmic alpha-amylase  23.02 
 
 		 516 aa  55.1  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0965  alpha amylase, catalytic region  26.04 
 
 		 555 aa  54.3  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000585421  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04507  conserved hypothetical protein  27.93 
 
 		 521 aa  54.3  0.000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2160  trehalose synthase-like  22.91 
 
 		 1112 aa  54.3  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36710  glycogen branching enzyme  24.62 
 
 		 732 aa  54.3  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.633943 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0558  glycogen branching enzyme  25.71 
 
 		 680 aa  53.9  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00080  alpha-amylase  23.08 
 
 		 456 aa  53.9  0.000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.52316  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3416  alpha amylase catalytic region  23.68 
 
 		 703 aa  53.9  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0415  1,4-alpha-glucan branching enzyme  27.44 
 
 		 723 aa  53.9  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3605  alpha amylase catalytic region  24.55 
 
 		 643 aa  53.1  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2115  alpha amylase catalytic region  29.85 
 
 		 553 aa  53.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232775  normal  0.0296214 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1096  trehalose synthase  26.39 
 
 		 587 aa  53.1  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646319 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5383  trehalose synthase  24.37 
 
 		 1093 aa  52.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116468  normal  0.915163 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001105  1,4-alpha-glucan (glycogen) branching enzyme  25.57 
 
 		 748 aa  52.4  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4006  glycogen branching enzyme  21.47 
 
 		 727 aa  52.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0554  alpha amylase, catalytic region  27.49 
 
 		 441 aa  52.8  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0002426  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3937  glycogen branching enzyme  25.41 
 
 		 725 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4118  glycogen branching enzyme  21.47 
 
 		 727 aa  52.8  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.595644 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0316  glycogen branching enzyme  28.44 
 
 		 722 aa  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0240  trehalose synthase  23.08 
 
 		 1105 aa  52.4  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1119  alpha-amylase  22.78 
 
 		 586 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0181074  normal  0.698294 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0147  glycogen branching enzyme  21.47 
 
 		 727 aa  52.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2536  trehalose synthase  23.01 
 
 		 1098 aa  52.4  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.605311  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1454  alpha amylase, catalytic region  27.32 
 
 		 739 aa  52.8  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.137251  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3321  1,4-alpha-glucan branching enzyme  24.16 
 
 		 728 aa  52.4  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4391  glycogen branching enzyme  24.02 
 
 		 741 aa  52.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.470909 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3840  glycogen branching enzyme  26.06 
 
 		 728 aa  51.6  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.933712 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5098  trehalose synthase  23.95 
 
 		 1093 aa  52  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436768  decreased coverage  0.00978496 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4139  alpha-amylase  21.84 
 
 		 586 aa  52  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00110847  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0983  alpha amylase catalytic region  26.64 
 
 		 555 aa  52  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000965574  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4120  alpha-amylase  22.78 
 
 		 586 aa  51.2  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000171258  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4258  alpha amylase catalytic region  23.72 
 
 		 541 aa  51.6  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.256991  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03850  alpha-1,4-glucan:alpha-1,4-glucan 6-glycosyltransferase  25.1 
 
 		 776 aa  51.6  0.00004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.914445  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05679  cytoplasmic alpha-amylase  27.71 
 
 		 507 aa  51.6  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2029  alpha amylase domain-containing protein  23.01 
 
 		 1100 aa  51.2  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.269645 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8020  trehalose synthase  25.68 
 
 		 553 aa  51.2  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2425  alpha amylase catalytic region  25.85 
 
 		 509 aa  51.2  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1208  alpha amylase  25.88 
 
 		 1094 aa  50.8  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2418  trehalose synthase  25.85 
 
 		 591 aa  50.8  0.00006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.482185  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3205  alpha amylase catalytic region  25.85 
 
 		 583 aa  50.8  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00323479  normal  0.589076 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02018  Alpha-amylase AmyAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV07]  22.29 
 
 		 490 aa  50.8  0.00007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1816  trehalose synthase  24.68 
 
 		 1105 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.482452 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3755  neopullulanase  23.02 
 
 		 586 aa  50.8  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000420185  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2782  trehalose synthase  22.7 
 
 		 1098 aa  50.4  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2378  trehalose synthase  22.02 
 
 		 1099 aa  50.4  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11358  glycogen branching enzyme  25.14 
 
 		 731 aa  50.4  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000136152  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3923  alpha-amylase  23.02 
 
 		 586 aa  50.4  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.077221  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4230  alpha-amylase  23.02 
 
 		 586 aa  50.4  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.300485  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1464  glycogen branching enzyme  24.57 
 
 		 716 aa  50.4  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4033  alpha-amylase  23.02 
 
 		 586 aa  50.4  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>