179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2001 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1130  alpha amylase catalytic region  61.45 
 
 		 566 aa  702    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2001  Alpha-amylase  100 
 
 		 589 aa  1218    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.357099  normal  0.053891 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4065  Alpha-amylase  51.93 
 
 		 596 aa  594  1e-168  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.540437  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05290  glycosidase  53.51 
 
 		 479 aa  479  1e-134  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06910  glycosidase  50.42 
 
 		 470 aa  464  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0553945  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0985  alpha amylase domain-containing protein  46.46 
 
 		 605 aa  462  1e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0694969  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2478  alpha amylase catalytic region  44.48 
 
 		 612 aa  455  1.0000000000000001e-126  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194919  normal  0.119382 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1926  Alpha-amylase  51.13 
 
 		 688 aa  445  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3337  Glycosidase-like protein  47.66 
 
 		 679 aa  442  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.543706  normal  0.14646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2938  ATPase  44.76 
 
 		 563 aa  429  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1927  alpha amylase catalytic region  50.22 
 
 		 914 aa  424  1e-117  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2896  Alpha-amylase  42.99 
 
 		 722 aa  413  1e-114  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.578872 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4685  alpha amylase catalytic region  42.61 
 
 		 738 aa  405  1.0000000000000001e-112  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2859  Alpha-amylase  43.9 
 
 		 661 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2686  alpha amylase, catalytic region  43.77 
 
 		 722 aa  388  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.288393 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1247  alpha amylase catalytic region  43.15 
 
 		 494 aa  364  3e-99  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.350307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5195  Alpha-amylase  43.91 
 
 		 707 aa  352  2e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0930  alpha amylase catalytic region  38.68 
 
 		 614 aa  346  6e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0609  alpha amylase, catalytic domain protein  37.94 
 
 		 551 aa  323  6e-87  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0610  pullulanase, type I  36.84 
 
 		 1888 aa  315  1.9999999999999998e-84  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4292  Alpha-amylase A precursor (1,4-alpha-D-glucan glucanohydrolase)  41.09 
 
 		 528 aa  313  7.999999999999999e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2712  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  37.04 
 
 		 2156 aa  254  3e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2654  alpha amylase catalytic region  28.27 
 
 		 461 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.181273  normal  0.26185 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4716  alpha amylase catalytic region  33.12 
 
 		 458 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.79094 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3374  alpha amylase catalytic region  31.58 
 
 		 453 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2728  alpha amylase catalytic region  32.32 
 
 		 453 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5853  alpha amylase catalytic region  25.68 
 
 		 742 aa  109  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0389202  normal  0.176008 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0700  alpha amylase catalytic region  39.6 
 
 		 767 aa  98.6  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05253  alpha-amylase  25.34 
 
 		 449 aa  95.5  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3370  alpha-amylase  28.75 
 
 		 470 aa  92.8  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.1996  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1319  hypothetical protein  45.28 
 
 		 218 aa  92.8  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0191338  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001376  glycosidase  24.94 
 
 		 449 aa  92.4  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000319288  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0213  glucan 1,4- a-glucosidase  48.96 
 
 		 881 aa  89.4  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1289  alkaline-resistant alpha-amylase precursor  25.77 
 
 		 458 aa  89  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00644344  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1658  putative amylase  48.96 
 
 		 881 aa  88.6  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0289  glycosy hydrolase family protein  48.96 
 
 		 882 aa  88.6  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0200  putative glucan 1,4-alpha-glucosidase  48.96 
 
 		 882 aa  88.6  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07402  glucoamylase (Eurofung)  44.12 
 
 		 661 aa  85.9  0.000000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2110  alpha amylase catalytic region  27.96 
 
 		 439 aa  85.1  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3416  alpha amylase catalytic region  24.01 
 
 		 703 aa  83.6  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3095  alpha amylase catalytic region  25.3 
 
 		 441 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05463  conserved hypothetical protein  43.14 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_11143  glucoamylase (Eurofung)  44.9 
 
 		 619 aa  77.4  0.0000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.124619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1429  glycoside hydrolase, starch-binding  22.01 
 
 		 642 aa  76.6  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.56449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4622  alpha amylase catalytic region  21.26 
 
 		 649 aa  76.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204986 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0979  alpha-amylase  24.4 
 
 		 466 aa  75.1  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0210  alpha amylase catalytic region  33.33 
 
 		 741 aa  73.9  0.000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0538024  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03402  Alpha-amylasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV09]  34.65 
 
 		 623 aa  70.5  0.00000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.91072 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1800  alpha amylase, catalytic region  25.71 
 
 		 627 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.847837  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03480  Alpha-amylase precursor, putative  27.18 
 
 		 532 aa  66.2  0.000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2778  alpha amylase family protein  22.65 
 
 		 750 aa  63.5  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.859165  normal  0.73378 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02018  Alpha-amylase AmyAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV07]  25.25 
 
 		 490 aa  62.8  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4463  alpha amylase catalytic region  24.72 
 
 		 442 aa  61.6  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.469495 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02180  glycosidase  25.66 
 
 		 477 aa  61.2  0.00000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3136  glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase  24.7 
 
 		 555 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.815174  hitchhiker  0.00720592 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26014  predicted protein  33.33 
 
 		 249 aa  61.2  0.00000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2425  alpha amylase catalytic region  24.82 
 
 		 509 aa  60.1  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  22.55 
 
 		 620 aa  59.7  0.0000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06324  alpha-amylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13460)  26.33 
 
 		 559 aa  58.9  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.639353  normal  0.112793 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2771  alpha amylase, catalytic region  25.29 
 
 		 433 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.473519  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2815  alpha amylase, catalytic region  25.29 
 
 		 433 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.896664  normal  0.115274 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  24.57 
 
 		 1021 aa  58.5  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  24.88 
 
 		 1891 aa  58.5  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2793  alpha amylase family protein  23.18 
 
 		 750 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00275664  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24550  glycosidase  24.91 
 
 		 464 aa  58.5  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.665242 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  23.08 
 
 		 526 aa  57.8  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2798  alpha amylase, catalytic region  24.52 
 
 		 433 aa  57.4  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.242606  normal  0.972653 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  24.25 
 
 		 484 aa  56.6  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3720  alpha amylase, catalytic region  25.2 
 
 		 468 aa  56.6  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0314  hypothetical protein  29.91 
 
 		 644 aa  55.5  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0822878 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0611  alpha amylase, catalytic region  22.01 
 
 		 496 aa  55.1  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.132901 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2937  alpha amylase domain-containing protein  22.63 
 
 		 613 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1048  alpha amylase catalytic region  22.63 
 
 		 613 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  23.32 
 
 		 836 aa  55.1  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04507  conserved hypothetical protein  24.55 
 
 		 521 aa  54.7  0.000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1454  alpha amylase, catalytic region  23.19 
 
 		 739 aa  54.7  0.000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.137251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  22.91 
 
 		 814 aa  54.7  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8729  alpha amylase catalytic region  24.69 
 
 		 441 aa  54.3  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.150253  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01120  conserved hypothetical protein  28.35 
 
 		 561 aa  53.9  0.000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0180752  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3333  alpha amylase, catalytic region  24.03 
 
 		 434 aa  53.9  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.320284  normal  0.0371883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27990  glycogen branching enzyme  31.87 
 
 		 733 aa  53.1  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.6277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0965  alpha amylase, catalytic region  26.21 
 
 		 555 aa  53.5  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000585421  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0983  alpha amylase catalytic region  26.21 
 
 		 555 aa  52.8  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000965574  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1431  alpha amylase catalytic region  27.66 
 
 		 663 aa  52.8  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.246388  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00080  alpha-amylase  26.27 
 
 		 456 aa  52  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.52316  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1481  alpha amylase catalytic region  25.14 
 
 		 723 aa  51.6  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.653482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1712  alpha amylase, catalytic region  25.14 
 
 		 481 aa  51.6  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006680  CNK02760  Alpha-amylase A precursor, putative  23.18 
 
 		 572 aa  51.6  0.00005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0544  alpha amylase catalytic region  24.33 
 
 		 758 aa  51.2  0.00005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0014  alpha amylase, catalytic region  25.52 
 
 		 595 aa  51.2  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4229  glycogen branching enzyme  29.3 
 
 		 750 aa  50.8  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1998  alpha amylase catalytic region  23.89 
 
 		 481 aa  50.4  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.722533  normal  0.515841 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  23.17 
 
 		 477 aa  50.8  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0586  alpha amylase catalytic region  20.27 
 
 		 479 aa  50.4  0.00009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.532649  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03308  conserved hypothetical protein. (Eurofung)  25.75 
 
 		 552 aa  50.1  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.77903  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03660  alpha-amylase AmyA, putative  25 
 
 		 606 aa  50.4  0.0001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03660  alpha-amylase AmyA, putative  25 
 
 		 606 aa  50.4  0.0001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0084  pullulanase  25.09 
 
 		 606 aa  49.7  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14740  alpha amylase  23.51 
 
 		 515 aa  50.1  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0597647  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3842  alpha amylase catalytic region  22.06 
 
 		 586 aa  50.1  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000752132  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>