More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0002 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 386 aa  758    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  59.69 
 
 		 375 aa  441  1e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.18 
 
 		 408 aa  419  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  57.88 
 
 		 379 aa  417  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.78 
 
 		 398 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.5 
 
 		 398 aa  411  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.21 
 
 		 379 aa  411  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  54.76 
 
 		 396 aa  408  1e-113  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.5 
 
 		 398 aa  411  1e-113  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  55.5 
 
 		 398 aa  411  1e-113  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.81 
 
 		 378 aa  402  1e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  55.22 
 
 		 398 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.81 
 
 		 380 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.4 
 
 		 378 aa  400  9.999999999999999e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.5 
 
 		 396 aa  397  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.57 
 
 		 388 aa  395  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  54.5 
 
 		 379 aa  394  1e-108  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  52.93 
 
 		 402 aa  393  1e-108  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.91 
 
 		 387 aa  385  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.8 
 
 		 408 aa  382  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.17 
 
 		 378 aa  369  1e-101  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  52.03 
 
 		 384 aa  366  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  50.39 
 
 		 376 aa  368  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  57.25 
 
 		 379 aa  367  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.66 
 
 		 377 aa  368  1e-100  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  54.15 
 
 		 377 aa  365  1e-100  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  50.74 
 
 		 402 aa  362  5.0000000000000005e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.26 
 
 		 377 aa  362  9e-99  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.65 
 
 		 376 aa  361  1e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  49.74 
 
 		 365 aa  356  2.9999999999999997e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.89 
 
 		 374 aa  354  2e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.89 
 
 		 374 aa  354  2e-96  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.35 
 
 		 376 aa  353  2.9999999999999997e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  52.02 
 
 		 386 aa  351  1e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  48.05 
 
 		 374 aa  348  9e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  46.51 
 
 		 378 aa  340  2e-92  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  46.88 
 
 		 374 aa  339  5e-92  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.39 
 
 		 383 aa  337  1.9999999999999998e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.05 
 
 		 380 aa  327  3e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  49.22 
 
 		 364 aa  323  3e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  39.06 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  35.16 
 
 		 374 aa  269  8e-71  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  44.58 
 
 		 404 aa  261  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  39.37 
 
 		 433 aa  243  5e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.74 
 
 		 369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.39 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.39 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.65 
 
 		 365 aa  159  1e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.52 
 
 		 375 aa  157  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.61 
 
 		 365 aa  149  6e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 		 366 aa  149  6e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  28.75 
 
 		 369 aa  147  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  26.85 
 
 		 367 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  26.12 
 
 		 372 aa  143  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  27.92 
 
 		 372 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  27.65 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.51 
 
 		 367 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.39 
 
 		 390 aa  140  3.9999999999999997e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.98 
 
 		 380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  24.87 
 
 		 376 aa  140  4.999999999999999e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  27.02 
 
 		 376 aa  139  6e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 		 387 aa  139  7.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  28.9 
 
 		 366 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.12 
 
 		 385 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  26.28 
 
 		 378 aa  138  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  28.97 
 
 		 366 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  26.52 
 
 		 377 aa  138  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  24.94 
 
 		 366 aa  137  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.41 
 
 		 366 aa  138  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  25.87 
 
 		 385 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.41 
 
 		 385 aa  138  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.66 
 
 		 372 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  27.84 
 
 		 366 aa  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  27.17 
 
 		 382 aa  136  5e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  25.64 
 
 		 374 aa  137  5e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.41 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.69 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.0000000103313  normal  1 
 
 
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.45 
 
 		 367 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.9 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.96 
 
 		 376 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.8 
 
 		 367 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.51 
 
 		 365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  24.32 
 
 		 362 aa  134  3e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.26 
 
 		 377 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.71 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000252276  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  26.22 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.26 
 
 		 377 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  24.04 
 
 		 374 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.79 
 
 		 370 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0002  DNA polymerase III, beta chain  25.96 
 
 		 369 aa  133  6e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000280325  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.88 
 
 		 385 aa  133  6e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.51 
 
 		 375 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 		 366 aa  132  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 		 366 aa  132  9e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  29.12 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.51 
 
 		 375 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.38 
 
 		 366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>