More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0002 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
378 aa  743    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  70.9 
 
 
376 aa  538  9.999999999999999e-153  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  69.58 
 
 
376 aa  527  1e-148  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  70.37 
 
 
377 aa  523  1e-147  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  66.14 
 
 
376 aa  511  1e-144  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  60.37 
 
 
374 aa  464  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.11 
 
 
374 aa  451  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.37 
 
 
374 aa  450  1e-125  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  62.07 
 
 
383 aa  439  9.999999999999999e-123  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  57.29 
 
 
374 aa  418  1e-116  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  57.56 
 
 
378 aa  419  1e-116  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.99 
 
 
375 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.05 
 
 
379 aa  416  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.43 
 
 
396 aa  405  1.0000000000000001e-112  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  54.33 
 
 
379 aa  407  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.57 
 
 
380 aa  404  1e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.35 
 
 
408 aa  403  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.43 
 
 
378 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  51.83 
 
 
379 aa  372  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.49 
 
 
387 aa  372  1e-102  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  52.89 
 
 
377 aa  361  1e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  51.42 
 
 
384 aa  360  3e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.16 
 
 
377 aa  354  2e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.91 
 
 
386 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.2 
 
 
388 aa  345  6e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  47.38 
 
 
402 aa  345  8e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  47.67 
 
 
396 aa  343  2.9999999999999997e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.39 
 
 
380 aa  341  1e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.42 
 
 
398 aa  340  2e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  49.73 
 
 
365 aa  339  5.9999999999999996e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.31 
 
 
398 aa  337  2.9999999999999997e-91  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.06 
 
 
398 aa  335  9e-91  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  47.06 
 
 
398 aa  335  9e-91  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.1 
 
 
386 aa  333  2e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  46.04 
 
 
402 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.96 
 
 
408 aa  326  3e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  46.91 
 
 
398 aa  327  3e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.29 
 
 
378 aa  325  6e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  43.39 
 
 
374 aa  319  5e-86  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  40.48 
 
 
374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  47.91 
 
 
379 aa  310  2e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  46.67 
 
 
364 aa  302  6.000000000000001e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  42.26 
 
 
404 aa  249  4e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  41.47 
 
 
433 aa  248  1e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.28 
 
 
375 aa  178  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.02 
 
 
369 aa  171  1e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.26 
 
 
365 aa  164  2.0000000000000002e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.75 
 
 
365 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.2 
 
 
366 aa  155  9e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.65 
 
 
367 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.42 
 
 
366 aa  152  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.42 
 
 
366 aa  152  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  27.89 
 
 
366 aa  149  8e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  26.32 
 
 
366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.29 
 
 
365 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.41 
 
 
366 aa  145  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.61 
 
 
378 aa  142  9.999999999999999e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 
390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  33.7 
 
 
365 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.02 
 
 
385 aa  139  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.34 
 
 
378 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.41 
 
 
385 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  28.02 
 
 
377 aa  137  3.0000000000000003e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  27.37 
 
 
366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  27.95 
 
 
375 aa  137  4e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.77 
 
 
385 aa  136  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 
377 aa  135  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  29.32 
 
 
394 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 
377 aa  135  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  26.58 
 
 
366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.74 
 
 
378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  26.89 
 
 
369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  25.53 
 
 
366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  27.68 
 
 
393 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  27.68 
 
 
393 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.33 
 
 
385 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 
379 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.82 
 
 
381 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 
379 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 
366 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 
366 aa  133  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.89 
 
 
366 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 
379 aa  132  9e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 
379 aa  132  9e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 
379 aa  132  9e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.02 
 
 
381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.8 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  27.13 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 
366 aa  130  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.08 
 
 
367 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  27.22 
 
 
376 aa  130  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.08 
 
 
367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 
366 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.62 
 
 
380 aa  130  6e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.56 
 
 
367 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 
367 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 
367 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 
367 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>