More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0044 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 374 aa  772    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  71.66 
 
 		 374 aa  583  1.0000000000000001e-165  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  45.74 
 
 		 376 aa  345  8.999999999999999e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.39 
 
 		 376 aa  344  2e-93  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.56 
 
 		 377 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.71 
 
 		 374 aa  335  5.999999999999999e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.18 
 
 		 374 aa  335  9e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.62 
 
 		 376 aa  333  3e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  40.11 
 
 		 374 aa  315  8e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.48 
 
 		 378 aa  314  1.9999999999999998e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.41 
 
 		 383 aa  305  1.0000000000000001e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  38.98 
 
 		 374 aa  303  2.0000000000000002e-81  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  39.47 
 
 		 378 aa  303  5.000000000000001e-81  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.48 
 
 		 408 aa  301  1e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.59 
 
 		 396 aa  297  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  37.47 
 
 		 379 aa  296  3e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 		 379 aa  296  4e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.14 
 
 		 375 aa  287  2e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.58 
 
 		 380 aa  286  5.999999999999999e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  36.05 
 
 		 379 aa  275  8e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.63 
 
 		 387 aa  271  9e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  36.23 
 
 		 402 aa  271  1e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.92 
 
 		 378 aa  268  1e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  37.56 
 
 		 386 aa  266  5e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  37 
 
 		 365 aa  261  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.4 
 
 		 378 aa  261  1e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.16 
 
 		 386 aa  261  2e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  34.03 
 
 		 384 aa  256  3e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.9 
 
 		 398 aa  252  9.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.9 
 
 		 398 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  34.9 
 
 		 398 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.55 
 
 		 398 aa  251  2e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.7 
 
 		 380 aa  250  3e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  35.06 
 
 		 396 aa  249  4e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  34.81 
 
 		 398 aa  248  1e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  34.99 
 
 		 402 aa  248  1e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  34.92 
 
 		 377 aa  242  9e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  36.77 
 
 		 379 aa  238  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.76 
 
 		 388 aa  236  6e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.19 
 
 		 377 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  34.5 
 
 		 364 aa  231  2e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.04 
 
 		 408 aa  227  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  30.35 
 
 		 404 aa  187  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  27.94 
 
 		 433 aa  186  7e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.85 
 
 		 365 aa  164  3e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.93 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.16 
 
 		 369 aa  160  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 		 375 aa  151  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.33 
 
 		 365 aa  145  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.06 
 
 		 366 aa  143  6e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.55 
 
 		 385 aa  136  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  26.29 
 
 		 378 aa  136  7.000000000000001e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.01 
 
 		 387 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  26.02 
 
 		 375 aa  133  6e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.63 
 
 		 378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 		 370 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.83 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.58 
 
 		 385 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  25.39 
 
 		 377 aa  127  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 		 385 aa  126  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  26.4 
 
 		 382 aa  126  8.000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.37 
 
 		 374 aa  123  5e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  26.36 
 
 		 376 aa  122  8e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000020623 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.4 
 
 		 366 aa  122  9e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.4 
 
 		 366 aa  122  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  24.45 
 
 		 362 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  27.34 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  22.83 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  22.96 
 
 		 367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  26.1 
 
 		 376 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000810658  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1009  DNA polymerase III, beta subunit  26.25 
 
 		 369 aa  119  9e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  25.58 
 
 		 376 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000841235  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 		 378 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  22.79 
 
 		 365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  25.32 
 
 		 376 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  25.32 
 
 		 376 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  24.18 
 
 		 390 aa  117  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0003  DNA polymerase III, beta subunit  25.87 
 
 		 360 aa  117  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.0000000103313  normal  1 
 
 
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  24.21 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.56 
 
 		 379 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  25.56 
 
 		 379 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.56 
 
 		 379 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  26.72 
 
 		 376 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  25.56 
 
 		 379 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.56 
 
 		 379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.09 
 
 		 370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  26.51 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.41 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.86 
 
 		 381 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.56 
 
 		 377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.56 
 
 		 377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.62 
 
 		 381 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  26.77 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  25.28 
 
 		 379 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.28 
 
 		 379 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.28 
 
 		 370 aa  113  5e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  24.52 
 
 		 374 aa  113  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  23.16 
 
 		 366 aa  113  5e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  24.73 
 
 		 393 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 		 370 aa  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>