More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0738 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  100 
 
 		 433 aa  839    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  59.48 
 
 		 404 aa  453  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  45.58 
 
 		 402 aa  337  2.9999999999999997e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  47.13 
 
 		 386 aa  320  3e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.24 
 
 		 380 aa  291  2e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.47 
 
 		 387 aa  288  1e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.95 
 
 		 375 aa  281  1e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.1 
 
 		 396 aa  281  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  38.93 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.06 
 
 		 388 aa  273  4.0000000000000004e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.05 
 
 		 379 aa  272  7e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.47 
 
 		 378 aa  271  2e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  38.46 
 
 		 374 aa  269  5.9999999999999995e-71  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  39.17 
 
 		 379 aa  268  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.49 
 
 		 377 aa  264  2e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.98 
 
 		 376 aa  263  3e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  38.04 
 
 		 398 aa  262  6.999999999999999e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.76 
 
 		 374 aa  262  1e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.06 
 
 		 374 aa  260  3e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  36.88 
 
 		 396 aa  259  9e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.41 
 
 		 376 aa  258  1e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  38.14 
 
 		 376 aa  258  1e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.21 
 
 		 398 aa  257  3e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.59 
 
 		 398 aa  256  4e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.99 
 
 		 398 aa  256  6e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  36.99 
 
 		 398 aa  256  6e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.72 
 
 		 408 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.37 
 
 		 386 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  37.73 
 
 		 379 aa  252  9.000000000000001e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.86 
 
 		 383 aa  252  1e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  37 
 
 		 402 aa  247  4e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  38.67 
 
 		 384 aa  245  9.999999999999999e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  37.53 
 
 		 365 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.05 
 
 		 378 aa  244  3e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.47 
 
 		 380 aa  236  7e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.32 
 
 		 408 aa  233  5e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  35.42 
 
 		 378 aa  232  8.000000000000001e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.48 
 
 		 378 aa  231  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  37.88 
 
 		 377 aa  225  1e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.62 
 
 		 377 aa  222  9e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  38.43 
 
 		 379 aa  218  2e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  32.79 
 
 		 374 aa  211  2e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  27.94 
 
 		 374 aa  207  4e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  34.41 
 
 		 364 aa  193  5e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.92 
 
 		 366 aa  159  7e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.27 
 
 		 369 aa  156  6e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.07 
 
 		 365 aa  150  4e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.27 
 
 		 365 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.66 
 
 		 375 aa  142  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  28.95 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  28.07 
 
 		 366 aa  136  8e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.41 
 
 		 366 aa  134  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.41 
 
 		 366 aa  134  5e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  31.38 
 
 		 365 aa  127  3e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.73 
 
 		 366 aa  126  7e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.5 
 
 		 365 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.51 
 
 		 365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000318907  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  27.51 
 
 		 365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.61 
 
 		 397 aa  120  7e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 		 367 aa  119  9e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.16 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.33 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.8 
 
 		 367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  23.88 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0535  DNA polymerase III, beta subunit  25.39 
 
 		 366 aa  116  6e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  24.78 
 
 		 375 aa  116  7.999999999999999e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  26.6 
 
 		 374 aa  115  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.69 
 
 		 375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  29.02 
 
 		 378 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.3 
 
 		 385 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  27.16 
 
 		 378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.97 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  24.65 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 		 374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.7 
 
 		 370 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.1 
 
 		 361 aa  112  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000320383  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  25.63 
 
 		 378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  24 
 
 		 377 aa  111  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 		 377 aa  111  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  24.35 
 
 		 366 aa  111  3e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.8 
 
 		 377 aa  111  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  28.33 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.88 
 
 		 388 aa  110  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  25.63 
 
 		 378 aa  110  5e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0132  DNA polymerase III, beta subunit  25.59 
 
 		 370 aa  110  5e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0954051  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.87 
 
 		 375 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  27.87 
 
 		 393 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  27.87 
 
 		 393 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.14 
 
 		 375 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.41 
 
 		 372 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.75 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1203  DNA polymerase III, beta subunit  26.72 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0971789  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  22.81 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000352181 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  23.92 
 
 		 366 aa  107  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.22 
 
 		 367 aa  107  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 		 366 aa  106  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.17 
 
 		 376 aa  106  7e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.69 
 
 		 370 aa  106  9e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 		 366 aa  106  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 		 366 aa  106  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>