More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_0002 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
376 aa  762    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.74 
 
 
372 aa  309  5.9999999999999995e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.21 
 
 
372 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.15 
 
 
372 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  40 
 
 
372 aa  297  3e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.53 
 
 
372 aa  296  4e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.58 
 
 
373 aa  292  6e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.64 
 
 
366 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  42.18 
 
 
370 aa  281  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.74 
 
 
372 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.05 
 
 
373 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  40 
 
 
373 aa  270  4e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.21 
 
 
373 aa  269  5.9999999999999995e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.42 
 
 
372 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  40.31 
 
 
375 aa  266  2.9999999999999995e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.1 
 
 
367 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  38.2 
 
 
366 aa  266  4e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.32 
 
 
365 aa  266  5e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.42 
 
 
372 aa  266  5.999999999999999e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  38.64 
 
 
372 aa  265  7e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  40.58 
 
 
371 aa  265  8.999999999999999e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.26 
 
 
372 aa  264  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.36 
 
 
372 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  40 
 
 
373 aa  263  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.93 
 
 
367 aa  263  4.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.95 
 
 
367 aa  262  6.999999999999999e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  37.83 
 
 
372 aa  262  8e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.79 
 
 
372 aa  262  8e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  37.99 
 
 
372 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  37.99 
 
 
372 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.68 
 
 
372 aa  259  4e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  39.9 
 
 
371 aa  259  5.0000000000000005e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.36 
 
 
366 aa  259  7e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.32 
 
 
366 aa  258  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  37.73 
 
 
372 aa  257  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.83 
 
 
372 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  39.22 
 
 
373 aa  257  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.52 
 
 
367 aa  257  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.79 
 
 
367 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.79 
 
 
367 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  40 
 
 
367 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  39.63 
 
 
366 aa  256  5e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.68 
 
 
372 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  39.47 
 
 
373 aa  255  7e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.79 
 
 
373 aa  255  8e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  39.21 
 
 
373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  38.36 
 
 
372 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  38.89 
 
 
372 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.01 
 
 
368 aa  252  8.000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.01 
 
 
372 aa  252  8.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  37.73 
 
 
372 aa  251  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  38.89 
 
 
372 aa  251  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.26 
 
 
367 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  38.3 
 
 
366 aa  251  2e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.63 
 
 
373 aa  251  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.87 
 
 
367 aa  250  3e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  39.68 
 
 
367 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.68 
 
 
367 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  38.36 
 
 
372 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.68 
 
 
366 aa  248  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  37.83 
 
 
412 aa  246  3e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.93 
 
 
366 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.11 
 
 
374 aa  246  4.9999999999999997e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.81 
 
 
366 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.99 
 
 
366 aa  245  9e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  39.15 
 
 
372 aa  245  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.62 
 
 
375 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.62 
 
 
366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  36.44 
 
 
366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  38.62 
 
 
366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  38.1 
 
 
372 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  38.62 
 
 
366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.56 
 
 
366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  38.26 
 
 
366 aa  244  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.71 
 
 
366 aa  243  3e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.36 
 
 
375 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.1 
 
 
375 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 
366 aa  243  6e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  37.01 
 
 
366 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  35.28 
 
 
366 aa  241  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  38.2 
 
 
367 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.71 
 
 
366 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.15 
 
 
376 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.3 
 
 
366 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.37 
 
 
366 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.71 
 
 
366 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  35.71 
 
 
366 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.51 
 
 
366 aa  239  4e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 
366 aa  239  5e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.28 
 
 
366 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.28 
 
 
366 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.28 
 
 
366 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.28 
 
 
366 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 
366 aa  239  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 
366 aa  239  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.14 
 
 
366 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  37.89 
 
 
367 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  37.14 
 
 
366 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.14 
 
 
366 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  37.14 
 
 
366 aa  239  6.999999999999999e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>