More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0002 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  99.19 
 
 		 372 aa  746    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 372 aa  751    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  73.39 
 
 		 372 aa  578  1e-164  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  68.55 
 
 		 372 aa  542  1e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  69.17 
 
 		 373 aa  537  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  62.47 
 
 		 373 aa  479  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.75 
 
 		 372 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.11 
 
 		 372 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.76 
 
 		 376 aa  345  5e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.83 
 
 		 375 aa  338  8e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.83 
 
 		 375 aa  338  9e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.57 
 
 		 375 aa  335  5.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.74 
 
 		 376 aa  309  5.9999999999999995e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.14 
 
 		 365 aa  295  9e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.7 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.7 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  37.17 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.7 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.7 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.43 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.17 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.17 
 
 		 366 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  37.17 
 
 		 366 aa  260  3e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  37.17 
 
 		 366 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.83 
 
 		 366 aa  255  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.64 
 
 		 366 aa  251  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.56 
 
 		 366 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.49 
 
 		 367 aa  250  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  36 
 
 		 365 aa  249  5e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.03 
 
 		 366 aa  248  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  35.56 
 
 		 366 aa  247  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  33.42 
 
 		 372 aa  246  3e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.03 
 
 		 366 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.49 
 
 		 372 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.29 
 
 		 366 aa  244  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  34.95 
 
 		 366 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  34.22 
 
 		 370 aa  243  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.1 
 
 		 366 aa  241  1e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.56 
 
 		 366 aa  241  2e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  35.56 
 
 		 366 aa  239  5.999999999999999e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.29 
 
 		 366 aa  239  5.999999999999999e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  32.53 
 
 		 372 aa  239  8e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.14 
 
 		 366 aa  238  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 372 aa  238  1e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  33.69 
 
 		 374 aa  238  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  33.87 
 
 		 372 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  33.6 
 
 		 366 aa  236  4e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 372 aa  236  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 		 412 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  33.16 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.49 
 
 		 367 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 		 371 aa  233  3e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.06 
 
 		 369 aa  232  7.000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.69 
 
 		 367 aa  232  8.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  35.39 
 
 		 367 aa  232  9e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.39 
 
 		 367 aa  232  9e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 397 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  32.62 
 
 		 371 aa  231  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.39 
 
 		 367 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 373 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.35 
 
 		 372 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.82 
 
 		 372 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.1 
 
 		 372 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 385 aa  230  3e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  35.12 
 
 		 367 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.73 
 
 		 373 aa  229  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.07 
 
 		 397 aa  229  5e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  32.27 
 
 		 372 aa  229  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  32.17 
 
 		 366 aa  229  6e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.78 
 
 		 366 aa  229  7e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  36.19 
 
 		 367 aa  229  8e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.12 
 
 		 367 aa  229  8e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 		 373 aa  229  9e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  33.87 
 
 		 372 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 		 368 aa  227  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.85 
 
 		 367 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.32 
 
 		 367 aa  227  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 373 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  35.12 
 
 		 367 aa  226  6e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.01 
 
 		 368 aa  226  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.44 
 
 		 367 aa  225  8e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 		 373 aa  225  9e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.12 
 
 		 367 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 		 373 aa  224  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.58 
 
 		 367 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.02 
 
 		 372 aa  223  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  31.55 
 
 		 372 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  32.27 
 
 		 372 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.55 
 
 		 372 aa  223  6e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  33.78 
 
 		 366 aa  222  6e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  33.78 
 
 		 366 aa  222  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.78 
 
 		 366 aa  222  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.51 
 
 		 372 aa  222  7e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.36 
 
 		 373 aa  222  9e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  32.44 
 
 		 366 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.71 
 
 		 366 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  32.27 
 
 		 372 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  33.77 
 
 		 375 aa  221  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  33.69 
 
 		 368 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>