More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0002 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  86.07 
 
 		 366 aa  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  85.25 
 
 		 366 aa  646    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  92.62 
 
 		 366 aa  699    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  85.25 
 
 		 366 aa  649    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  85.25 
 
 		 366 aa  649    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  85.25 
 
 		 366 aa  649    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  85.25 
 
 		 366 aa  649    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  90.98 
 
 		 366 aa  680    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  84.97 
 
 		 366 aa  647    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 366 aa  734    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  93.44 
 
 		 366 aa  702    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  86.07 
 
 		 366 aa  654    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  86.07 
 
 		 366 aa  654    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  86.07 
 
 		 366 aa  654    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  83.88 
 
 		 366 aa  627  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  80.87 
 
 		 366 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  57.65 
 
 		 366 aa  442  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.58 
 
 		 367 aa  444  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 		 366 aa  438  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  58.74 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.74 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  58.74 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  59.56 
 
 		 366 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  59.56 
 
 		 366 aa  436  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  58.2 
 
 		 366 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  58.47 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  58.74 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  58.2 
 
 		 366 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  58.74 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  59.84 
 
 		 366 aa  436  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  58.47 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  58.74 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  58.47 
 
 		 366 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  59.56 
 
 		 366 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.74 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  58.74 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  58.74 
 
 		 366 aa  437  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  59.02 
 
 		 366 aa  432  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  59.56 
 
 		 366 aa  433  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.47 
 
 		 366 aa  433  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  55.28 
 
 		 369 aa  430  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.74 
 
 		 366 aa  429  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.49 
 
 		 367 aa  428  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  55.46 
 
 		 366 aa  426  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  56.01 
 
 		 366 aa  427  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  55.19 
 
 		 366 aa  420  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.38 
 
 		 365 aa  411  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.59 
 
 		 367 aa  412  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  53.95 
 
 		 367 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.86 
 
 		 367 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.86 
 
 		 367 aa  401  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  53.83 
 
 		 366 aa  404  1e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.91 
 
 		 367 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.22 
 
 		 367 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.1 
 
 		 367 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  56.95 
 
 		 367 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  55.59 
 
 		 367 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.59 
 
 		 367 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  55.56 
 
 		 367 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.59 
 
 		 367 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  56.13 
 
 		 367 aa  391  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.59 
 
 		 367 aa  381  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.04 
 
 		 367 aa  379  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.22 
 
 		 366 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.62 
 
 		 369 aa  362  4e-99  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000252276  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0002  DNA polymerase III, beta chain  51.62 
 
 		 369 aa  362  8e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000280325  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.59 
 
 		 366 aa  350  2e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.9 
 
 		 366 aa  345  5e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  50.41 
 
 		 366 aa  345  8.999999999999999e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  51.63 
 
 		 366 aa  344  1e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.84 
 
 		 368 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.32 
 
 		 366 aa  333  4e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  46.2 
 
 		 366 aa  332  6e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0132  DNA polymerase III, beta subunit  47.98 
 
 		 370 aa  332  6e-90  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0954051  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.05 
 
 		 366 aa  331  1e-89  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  47.28 
 
 		 367 aa  328  9e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  45.71 
 
 		 368 aa  323  2e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.71 
 
 		 368 aa  323  3e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  46.03 
 
 		 371 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  45.43 
 
 		 368 aa  321  9.999999999999999e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.3 
 
 		 371 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.3 
 
 		 371 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.48 
 
 		 372 aa  317  2e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  46.3 
 
 		 371 aa  316  3e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.11 
 
 		 372 aa  317  3e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  46.28 
 
 		 367 aa  316  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.28 
 
 		 367 aa  316  4e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.21 
 
 		 372 aa  315  7e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.2 
 
 		 368 aa  315  8e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000008266  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.6 
 
 		 368 aa  315  9e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.75 
 
 		 367 aa  311  9e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  46.43 
 
 		 368 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.43 
 
 		 368 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.01 
 
 		 367 aa  311  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.43 
 
 		 368 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  46.43 
 
 		 367 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  46.43 
 
 		 367 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.32 
 
 		 368 aa  310  2.9999999999999997e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  46.43 
 
 		 367 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  46.43 
 
 		 367 aa  310  4e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>