More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0002 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  95.92 
 
 		 368 aa  714    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  88.59 
 
 		 367 aa  669    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 368 aa  744    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  90.76 
 
 		 368 aa  689    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  88.04 
 
 		 368 aa  663    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  86.29 
 
 		 372 aa  653    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  88.32 
 
 		 368 aa  664    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  84.41 
 
 		 372 aa  645    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  80.65 
 
 		 372 aa  612  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  79.89 
 
 		 368 aa  600  1e-170  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  75.59 
 
 		 381 aa  575  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000030299 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.34 
 
 		 367 aa  428  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  56.18 
 
 		 371 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.57 
 
 		 371 aa  425  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.57 
 
 		 371 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  56.3 
 
 		 371 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  56.79 
 
 		 367 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.79 
 
 		 367 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  56.79 
 
 		 367 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  56.79 
 
 		 367 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  56.79 
 
 		 367 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.18 
 
 		 368 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  56.79 
 
 		 367 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  56.79 
 
 		 367 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  56.79 
 
 		 367 aa  423  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.18 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.25 
 
 		 367 aa  420  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  57.18 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.18 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  56.25 
 
 		 367 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  57.18 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.18 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.18 
 
 		 368 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.45 
 
 		 369 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.91 
 
 		 371 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.453135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50 
 
 		 367 aa  384  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.36 
 
 		 368 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000008266  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.47 
 
 		 371 aa  375  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.157006  normal  0.0483245 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.01 
 
 		 371 aa  373  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.757969  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.54 
 
 		 367 aa  351  1e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.69 
 
 		 366 aa  332  4e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.98 
 
 		 366 aa  330  3e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.71 
 
 		 366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.49 
 
 		 369 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000100173  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.71 
 
 		 366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.71 
 
 		 366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.71 
 
 		 366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.98 
 
 		 366 aa  327  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.98 
 
 		 366 aa  326  3e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  45.98 
 
 		 366 aa  327  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.43 
 
 		 366 aa  325  7e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  45.71 
 
 		 366 aa  324  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.18 
 
 		 367 aa  319  3.9999999999999996e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  44.35 
 
 		 366 aa  318  9e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.6 
 
 		 366 aa  315  9e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  44.04 
 
 		 366 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.3 
 
 		 367 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.77 
 
 		 366 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.03 
 
 		 367 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.58 
 
 		 368 aa  311  1e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.93 
 
 		 367 aa  311  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.48 
 
 		 367 aa  305  7e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.25 
 
 		 367 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  45.21 
 
 		 367 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.66 
 
 		 366 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4311  DNA polymerase III, beta subunit  42.67 
 
 		 378 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.21 
 
 		 367 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  45.21 
 
 		 367 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.21 
 
 		 367 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.78 
 
 		 367 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  45.58 
 
 		 367 aa  302  7.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  42.82 
 
 		 366 aa  301  9e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  45.5 
 
 		 367 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.66 
 
 		 367 aa  298  1e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.28 
 
 		 367 aa  295  6e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.94 
 
 		 365 aa  294  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  41.76 
 
 		 366 aa  289  6e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  288  9e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  288  9e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  39.83 
 
 		 366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.32 
 
 		 366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  39.78 
 
 		 366 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  39.55 
 
 		 366 aa  281  1e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  281  2e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  39.27 
 
 		 366 aa  280  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.55 
 
 		 366 aa  281  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  279  6e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  279  6e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  41 
 
 		 366 aa  279  7e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  41.21 
 
 		 367 aa  278  1e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.27 
 
 		 366 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.17 
 
 		 366 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.17 
 
 		 366 aa  277  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  40.17 
 
 		 366 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  40.17 
 
 		 366 aa  277  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>