More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0002 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  88.04 
 
 		 368 aa  662    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  87.77 
 
 		 368 aa  661    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 367 aa  742    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  88.59 
 
 		 368 aa  669    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  88.86 
 
 		 368 aa  675    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  88.86 
 
 		 368 aa  669    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  84.95 
 
 		 372 aa  648    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  87.37 
 
 		 372 aa  659    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  81.18 
 
 		 372 aa  617  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  77.99 
 
 		 368 aa  579  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  72.97 
 
 		 381 aa  553  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000030299 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  56.3 
 
 		 371 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.3 
 
 		 371 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.79 
 
 		 367 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.3 
 
 		 371 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  55.38 
 
 		 371 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.1 
 
 		 367 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  56.1 
 
 		 367 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  56.1 
 
 		 367 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  56.1 
 
 		 367 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  56.1 
 
 		 367 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  56.1 
 
 		 367 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  56.76 
 
 		 368 aa  412  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  56.1 
 
 		 367 aa  412  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.76 
 
 		 368 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.37 
 
 		 367 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  56.37 
 
 		 367 aa  414  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.76 
 
 		 368 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  56.76 
 
 		 368 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  56.1 
 
 		 367 aa  411  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.76 
 
 		 368 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.76 
 
 		 368 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.1 
 
 		 368 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.57 
 
 		 369 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.38 
 
 		 371 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.453135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.68 
 
 		 367 aa  382  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.36 
 
 		 368 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000008266  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.13 
 
 		 371 aa  365  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.157006  normal  0.0483245 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.67 
 
 		 371 aa  359  4e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.757969  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.32 
 
 		 367 aa  340  2e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.89 
 
 		 369 aa  324  2e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000100173  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.15 
 
 		 366 aa  323  4e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.6 
 
 		 366 aa  317  2e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.2 
 
 		 366 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.04 
 
 		 366 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  44.04 
 
 		 366 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.77 
 
 		 366 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.77 
 
 		 366 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.77 
 
 		 366 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.77 
 
 		 366 aa  311  9e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.04 
 
 		 366 aa  311  1e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.75 
 
 		 367 aa  310  2e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  43.77 
 
 		 366 aa  308  6.999999999999999e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  43.49 
 
 		 366 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  43.53 
 
 		 366 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.04 
 
 		 366 aa  305  7e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.21 
 
 		 366 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.63 
 
 		 367 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.08 
 
 		 367 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  45.08 
 
 		 367 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.08 
 
 		 367 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.23 
 
 		 367 aa  300  3e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.08 
 
 		 367 aa  300  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.51 
 
 		 367 aa  300  3e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  45.08 
 
 		 367 aa  299  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.68 
 
 		 367 aa  299  7e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.08 
 
 		 367 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.51 
 
 		 368 aa  297  2e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  41.6 
 
 		 366 aa  296  3e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  45.05 
 
 		 367 aa  295  8e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.11 
 
 		 367 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.36 
 
 		 367 aa  295  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  45.11 
 
 		 367 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4311  DNA polymerase III, beta subunit  43.88 
 
 		 378 aa  293  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.11 
 
 		 366 aa  292  5e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  41.99 
 
 		 366 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  41.99 
 
 		 366 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  41.99 
 
 		 366 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  41.99 
 
 		 366 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.78 
 
 		 365 aa  290  4e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  41.99 
 
 		 366 aa  289  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  41.76 
 
 		 366 aa  286  4e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.99 
 
 		 366 aa  286  5.999999999999999e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.44 
 
 		 366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  40.72 
 
 		 366 aa  279  5e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.72 
 
 		 366 aa  279  5e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  40.72 
 
 		 366 aa  279  5e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  40.72 
 
 		 366 aa  279  5e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  40.72 
 
 		 366 aa  279  5e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.72 
 
 		 366 aa  279  5e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  40.72 
 
 		 366 aa  279  5e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  40.72 
 
 		 366 aa  279  5e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  40.72 
 
 		 366 aa  279  5e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  43.13 
 
 		 366 aa  279  7e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  39.55 
 
 		 366 aa  278  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  39.55 
 
 		 366 aa  276  3e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.15 
 
 		 366 aa  276  3e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  40.88 
 
 		 367 aa  277  3e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  41.83 
 
 		 366 aa  276  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.83 
 
 		 366 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>