More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4311 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4311  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 378 aa  773    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  45.77 
 
 		 368 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.77 
 
 		 368 aa  312  4.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.05 
 
 		 368 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.67 
 
 		 368 aa  304  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  42.13 
 
 		 368 aa  301  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.85 
 
 		 368 aa  300  2e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.15 
 
 		 381 aa  300  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000030299 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.8 
 
 		 372 aa  298  8e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.8 
 
 		 372 aa  298  9e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.33 
 
 		 372 aa  296  3e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.88 
 
 		 367 aa  293  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.5 
 
 		 368 aa  266  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000008266  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.1 
 
 		 369 aa  264  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  39.62 
 
 		 371 aa  263  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.78 
 
 		 371 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.78 
 
 		 371 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 367 aa  258  8e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.89 
 
 		 371 aa  258  9e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.453135  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  39.51 
 
 		 371 aa  258  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 367 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 367 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 368 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 368 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 368 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.94 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.67 
 
 		 367 aa  257  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.39 
 
 		 368 aa  256  5e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  39.67 
 
 		 368 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.67 
 
 		 368 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  39.67 
 
 		 367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.67 
 
 		 368 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.16 
 
 		 371 aa  241  1e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.157006  normal  0.0483245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.99 
 
 		 367 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.16 
 
 		 371 aa  229  5e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.757969  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.53 
 
 		 367 aa  228  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.98 
 
 		 367 aa  226  5.0000000000000005e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.47 
 
 		 367 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  36.44 
 
 		 366 aa  223  4e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.91 
 
 		 367 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.87 
 
 		 368 aa  219  5e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.81 
 
 		 366 aa  218  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  37.19 
 
 		 367 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.19 
 
 		 367 aa  216  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.19 
 
 		 367 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.19 
 
 		 367 aa  216  8e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.43 
 
 		 370 aa  215  9e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  37.19 
 
 		 367 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.91 
 
 		 367 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  36.71 
 
 		 366 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  38.08 
 
 		 367 aa  213  5.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.89 
 
 		 366 aa  212  7e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.44 
 
 		 366 aa  213  7e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.89 
 
 		 366 aa  212  7e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.89 
 
 		 366 aa  212  7e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.89 
 
 		 366 aa  212  7e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  36.16 
 
 		 366 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.74 
 
 		 369 aa  211  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000100173  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.71 
 
 		 365 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.34 
 
 		 366 aa  210  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.14 
 
 		 366 aa  210  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.62 
 
 		 366 aa  210  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  37.81 
 
 		 367 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.61 
 
 		 366 aa  208  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  34.92 
 
 		 366 aa  207  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  35.07 
 
 		 366 aa  207  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  35.25 
 
 		 366 aa  207  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.53 
 
 		 367 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.39 
 
 		 366 aa  207  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.07 
 
 		 366 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  34.79 
 
 		 366 aa  206  8e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.79 
 
 		 366 aa  206  8e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  33.86 
 
 		 366 aa  205  1e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.3 
 
 		 366 aa  205  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.49 
 
 		 366 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  35 
 
 		 367 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.22 
 
 		 367 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.79 
 
 		 366 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 366 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 366 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 366 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 366 aa  204  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 366 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 366 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 366 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.88 
 
 		 367 aa  203  5e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.13 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  34.13 
 
 		 366 aa  202  6e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>