More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_0002 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
365 aa  745    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.29 
 
 
375 aa  300  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.02 
 
 
375 aa  298  8e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.14 
 
 
372 aa  296  4e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.76 
 
 
375 aa  295  7e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.14 
 
 
372 aa  295  9e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.18 
 
 
376 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.73 
 
 
372 aa  278  8e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.56 
 
 
373 aa  269  7e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  36.63 
 
 
372 aa  267  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.19 
 
 
372 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.39 
 
 
372 aa  263  4e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.29 
 
 
373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  35.01 
 
 
397 aa  226  7e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2688  DNA polymerase III, beta subunit  32.43 
 
 
369 aa  224  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0188688  hitchhiker  0.00114167 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.89 
 
 
376 aa  224  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.75 
 
 
397 aa  223  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  34.75 
 
 
385 aa  223  4e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.42 
 
 
373 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.9 
 
 
372 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  35.15 
 
 
366 aa  218  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.9 
 
 
372 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.78 
 
 
372 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.6 
 
 
367 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.16 
 
 
372 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  32.98 
 
 
372 aa  216  5e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  34.32 
 
 
372 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  33.24 
 
 
372 aa  215  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  34.32 
 
 
372 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.37 
 
 
372 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  32.71 
 
 
372 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 
366 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  33.6 
 
 
366 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
366 aa  213  3.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 
366 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.1 
 
 
372 aa  212  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  32.98 
 
 
412 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.22 
 
 
371 aa  211  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.97 
 
 
367 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.42 
 
 
367 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  33.24 
 
 
372 aa  210  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.09 
 
 
373 aa  210  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  33.88 
 
 
366 aa  209  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 
366 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 
366 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 
366 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 
366 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  33.97 
 
 
367 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.97 
 
 
367 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  31.71 
 
 
366 aa  209  6e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  31.71 
 
 
366 aa  209  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  31.71 
 
 
366 aa  209  9e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.62 
 
 
373 aa  208  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  33.07 
 
 
373 aa  208  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  33.42 
 
 
367 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  32.79 
 
 
366 aa  207  2e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  32.26 
 
 
371 aa  207  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  34.6 
 
 
366 aa  207  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  32.1 
 
 
374 aa  207  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.9 
 
 
372 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  32.8 
 
 
371 aa  207  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  33.97 
 
 
367 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  32.62 
 
 
372 aa  206  4e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.17 
 
 
372 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  32.44 
 
 
372 aa  206  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.78 
 
 
367 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.15 
 
 
367 aa  206  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.35 
 
 
372 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  33.24 
 
 
366 aa  205  8e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  31.73 
 
 
373 aa  205  8e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 
367 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.88 
 
 
367 aa  205  9e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.7 
 
 
366 aa  205  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  32.7 
 
 
366 aa  205  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.7 
 
 
366 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.7 
 
 
366 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.82 
 
 
373 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.89 
 
 
373 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.24 
 
 
372 aa  204  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  33.15 
 
 
367 aa  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.08 
 
 
370 aa  204  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  32.62 
 
 
370 aa  204  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  31.82 
 
 
373 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  32.62 
 
 
372 aa  204  3e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  30.48 
 
 
373 aa  202  8e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  32.35 
 
 
372 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  32.35 
 
 
372 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  32.43 
 
 
366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.06 
 
 
366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.79 
 
 
366 aa  199  6e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  31.15 
 
 
367 aa  199  7e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  33.7 
 
 
368 aa  199  7e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.42 
 
 
372 aa  199  7e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  32.72 
 
 
375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.62 
 
 
372 aa  196  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.14 
 
 
367 aa  195  8.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.19 
 
 
381 aa  195  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000030299 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.52 
 
 
365 aa  195  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.52 
 
 
368 aa  195  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 
367 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>