More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0002 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
383 aa  748    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  67.47 
 
 
376 aa  514  1e-144  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  66.13 
 
 
376 aa  502  1e-141  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  63.3 
 
 
376 aa  492  9.999999999999999e-139  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  64.46 
 
 
377 aa  487  1e-136  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  62.07 
 
 
378 aa  468  9.999999999999999e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.86 
 
 
374 aa  464  1e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  59.79 
 
 
374 aa  457  1e-127  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  59.68 
 
 
378 aa  445  1.0000000000000001e-124  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  57.75 
 
 
374 aa  430  1e-119  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  57.87 
 
 
374 aa  424  1e-117  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.37 
 
 
408 aa  416  9.999999999999999e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  57.18 
 
 
379 aa  414  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.14 
 
 
375 aa  404  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.02 
 
 
396 aa  401  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.11 
 
 
379 aa  392  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.86 
 
 
380 aa  388  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.67 
 
 
378 aa  380  1e-104  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.19 
 
 
387 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.13 
 
 
398 aa  354  1e-96  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.74 
 
 
398 aa  353  2e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.13 
 
 
398 aa  354  2e-96  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  50.13 
 
 
398 aa  354  2e-96  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  50 
 
 
398 aa  353  4e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  52.91 
 
 
377 aa  352  5e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.05 
 
 
378 aa  352  5.9999999999999994e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.65 
 
 
386 aa  348  1e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  50.53 
 
 
379 aa  347  2e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.03 
 
 
408 aa  345  6e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.46 
 
 
388 aa  344  1e-93  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.85 
 
 
377 aa  344  2e-93  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  47.94 
 
 
396 aa  341  2e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  48.76 
 
 
402 aa  339  4e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  52.37 
 
 
379 aa  339  5.9999999999999996e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  49.33 
 
 
365 aa  338  7e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  48.83 
 
 
402 aa  338  9e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  51.42 
 
 
386 aa  334  1e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  45.04 
 
 
374 aa  333  3e-90  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  41.33 
 
 
374 aa  330  3e-89  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.68 
 
 
380 aa  328  7e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  48.31 
 
 
384 aa  328  9e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  45.07 
 
 
364 aa  293  5e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  41.87 
 
 
404 aa  256  4e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  39.58 
 
 
433 aa  241  2e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.89 
 
 
375 aa  177  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.99 
 
 
369 aa  172  7.999999999999999e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.73 
 
 
365 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.65 
 
 
365 aa  165  1.0000000000000001e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.85 
 
 
365 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.93 
 
 
366 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.93 
 
 
366 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.07 
 
 
390 aa  160  3e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.01 
 
 
366 aa  160  4e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  27.68 
 
 
379 aa  156  6e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  30.56 
 
 
374 aa  156  6e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 
379 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 
379 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.68 
 
 
379 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.34 
 
 
378 aa  154  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.68 
 
 
379 aa  153  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
379 aa  152  8e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
379 aa  152  8e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.39 
 
 
381 aa  152  8e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 
381 aa  151  2e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 
378 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 
387 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  34.25 
 
 
365 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  26.87 
 
 
377 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 
366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
381 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 
381 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.65 
 
 
377 aa  147  3e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.65 
 
 
377 aa  147  3e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  30.36 
 
 
394 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  29.27 
 
 
376 aa  146  8.000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  30.63 
 
 
382 aa  145  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  28.03 
 
 
366 aa  144  3e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 
374 aa  143  5e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 
367 aa  143  5e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  28.03 
 
 
366 aa  143  6e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.88 
 
 
385 aa  142  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1769  DNA polymerase III, beta subunit  34.3 
 
 
391 aa  142  8e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.371708  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  25.34 
 
 
366 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.45 
 
 
366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.88 
 
 
385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.34 
 
 
378 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 
393 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.27 
 
 
370 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 
393 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  30.15 
 
 
378 aa  137  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.6 
 
 
370 aa  136  5e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  25.52 
 
 
376 aa  136  5e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  27.68 
 
 
374 aa  135  9e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.11 
 
 
385 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.84 
 
 
372 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.35 
 
 
385 aa  134  3e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.65 
 
 
374 aa  134  3e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 
367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  29.27 
 
 
377 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.04 
 
 
367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>