More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00020 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 		 379 aa  743    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  72.56 
 
 		 378 aa  540  9.999999999999999e-153  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  59.54 
 
 		 396 aa  452  1.0000000000000001e-126  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  60.66 
 
 		 398 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  59.85 
 
 		 388 aa  446  1.0000000000000001e-124  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  60.31 
 
 		 398 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  60.15 
 
 		 398 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  60.31 
 
 		 398 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  60.31 
 
 		 398 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  57.93 
 
 		 402 aa  434  1e-120  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.68 
 
 		 408 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  55.73 
 
 		 379 aa  404  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.4 
 
 		 386 aa  398  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.81 
 
 		 375 aa  391  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.61 
 
 		 380 aa  385  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.98 
 
 		 376 aa  382  1e-105  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.83 
 
 		 378 aa  379  1e-104  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.99 
 
 		 379 aa  376  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  50.53 
 
 		 376 aa  370  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50 
 
 		 377 aa  367  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  50.86 
 
 		 402 aa  367  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.3 
 
 		 408 aa  365  1e-100  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  54.07 
 
 		 377 aa  360  2e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.28 
 
 		 377 aa  358  8e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.52 
 
 		 374 aa  356  3.9999999999999996e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  49.35 
 
 		 379 aa  354  1e-96  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.38 
 
 		 387 aa  355  1e-96  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.7 
 
 		 396 aa  353  2.9999999999999997e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.37 
 
 		 383 aa  351  1e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.09 
 
 		 378 aa  349  4e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.16 
 
 		 376 aa  348  1e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.82 
 
 		 374 aa  348  1e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  48.3 
 
 		 378 aa  348  1e-94  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  50.38 
 
 		 386 aa  340  2e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  47.75 
 
 		 374 aa  340  2e-92  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  47.48 
 
 		 365 aa  335  7e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  46.34 
 
 		 374 aa  333  3e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.7 
 
 		 380 aa  331  1e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  47.55 
 
 		 384 aa  319  7e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  45.48 
 
 		 364 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  38.38 
 
 		 374 aa  267  2e-70  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  36.77 
 
 		 374 aa  266  2.9999999999999995e-70  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  41.13 
 
 		 404 aa  239  6.999999999999999e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  39.3 
 
 		 433 aa  232  9e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.42 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  32.72 
 
 		 366 aa  190  2.9999999999999997e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.87 
 
 		 365 aa  187  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.75 
 
 		 375 aa  180  4e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  29.21 
 
 		 366 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  29.21 
 
 		 366 aa  178  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.63 
 
 		 367 aa  170  4e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.51 
 
 		 366 aa  169  8e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.98 
 
 		 390 aa  166  8e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  27.49 
 
 		 366 aa  166  9e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.6 
 
 		 385 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.11 
 
 		 385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.49 
 
 		 370 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.52 
 
 		 373 aa  162  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  29.32 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  29.31 
 
 		 376 aa  160  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  32.12 
 
 		 373 aa  159  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.5 
 
 		 366 aa  158  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.87 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.03 
 
 		 366 aa  159  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.03 
 
 		 366 aa  159  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.77 
 
 		 370 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.83 
 
 		 385 aa  158  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  28.08 
 
 		 366 aa  156  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.01 
 
 		 385 aa  157  4e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  28.98 
 
 		 366 aa  157  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.08 
 
 		 366 aa  155  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.98 
 
 		 366 aa  155  9e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.46 
 
 		 397 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.1 
 
 		 388 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.6 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.35 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.35 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  28.35 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.67 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  31.35 
 
 		 373 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 		 378 aa  155  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  29.31 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  25.91 
 
 		 375 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 		 372 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  28.53 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  31.33 
 
 		 367 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  28.98 
 
 		 366 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.33 
 
 		 367 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.53 
 
 		 372 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000318907  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.72 
 
 		 379 aa  151  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>