More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0002 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 375 aa  738    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.96 
 
 		 369 aa  292  6e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  33.69 
 
 		 366 aa  234  1.0000000000000001e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.08 
 
 		 365 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.99 
 
 		 365 aa  204  1e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.26 
 
 		 374 aa  204  3e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.72 
 
 		 374 aa  202  5e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.03 
 
 		 367 aa  202  6e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 		 370 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.36 
 
 		 367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  31.59 
 
 		 382 aa  196  5.000000000000001e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  32.74 
 
 		 393 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  32.74 
 
 		 393 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 		 376 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.86 
 
 		 377 aa  194  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.56 
 
 		 390 aa  193  4e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  30.05 
 
 		 378 aa  192  1e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.89 
 
 		 375 aa  192  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  32.7 
 
 		 374 aa  192  1e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.83 
 
 		 365 aa  192  1e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  30.05 
 
 		 378 aa  192  1e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  30.05 
 
 		 378 aa  192  1e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  31.27 
 
 		 388 aa  192  1e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.77 
 
 		 375 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.87 
 
 		 386 aa  190  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.77 
 
 		 375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.25 
 
 		 385 aa  189  5e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  31.3 
 
 		 376 aa  189  5e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  31.17 
 
 		 385 aa  187  3e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  30.24 
 
 		 376 aa  187  3e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 366 aa  185  9e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 366 aa  185  9e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  30.85 
 
 		 366 aa  185  1.0000000000000001e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.23 
 
 		 396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  28.83 
 
 		 386 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.53 
 
 		 387 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.1 
 
 		 380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  29.56 
 
 		 377 aa  183  3e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  33.51 
 
 		 376 aa  182  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.18 
 
 		 378 aa  181  1e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.28 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.28 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  28.31 
 
 		 374 aa  181  2.9999999999999997e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.23 
 
 		 398 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.08 
 
 		 375 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.67 
 
 		 378 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.43 
 
 		 397 aa  179  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  31.65 
 
 		 385 aa  179  9e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.47 
 
 		 376 aa  178  1e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.25 
 
 		 379 aa  178  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.31 
 
 		 385 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.12 
 
 		 397 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.28 
 
 		 378 aa  178  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 385 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 		 377 aa  178  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 		 367 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.01 
 
 		 372 aa  177  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 		 397 aa  176  5e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.2 
 
 		 380 aa  176  5e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  29.97 
 
 		 398 aa  176  5e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  31.47 
 
 		 394 aa  176  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.96 
 
 		 367 aa  176  8e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.91 
 
 		 374 aa  176  9e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  30.85 
 
 		 374 aa  176  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.05 
 
 		 385 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.05 
 
 		 388 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.22 
 
 		 370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.59 
 
 		 378 aa  175  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  28.91 
 
 		 367 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.03 
 
 		 378 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  26.95 
 
 		 366 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.53 
 
 		 398 aa  173  5e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.02 
 
 		 408 aa  173  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.53 
 
 		 398 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  29.53 
 
 		 398 aa  172  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.05 
 
 		 366 aa  172  7.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 		 385 aa  172  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 		 366 aa  171  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  27.54 
 
 		 374 aa  171  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  33.06 
 
 		 364 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  30.05 
 
 		 372 aa  170  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.92 
 
 		 374 aa  168  1e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.65 
 
 		 372 aa  169  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.45 
 
 		 373 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  30.21 
 
 		 381 aa  168  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000166783  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  30.53 
 
 		 373 aa  168  1e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  30.59 
 
 		 366 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.89 
 
 		 374 aa  168  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  27.42 
 
 		 379 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  34.84 
 
 		 365 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 396 aa  168  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.1 
 
 		 378 aa  168  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  29.44 
 
 		 377 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.42 
 
 		 379 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.2 
 
 		 389 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.05 
 
 		 372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.42 
 
 		 379 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.33 
 
 		 373 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  30.83 
 
 		 372 aa  166  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>